Contig Alignment

Base A B C D E F G
1 . . . . G . .
2 . . . . A . .
3 . . . . A . .
4 . . . . G . .
5 . . . . T . .
6 . . . . A . .
7 . . . . A . .
8 . . . . A . .
9 . . . . C . .
10 . . . . A . .
11 . . . . A . .
12 . . . . G . .
13 . . . . C . .
14 . . . . C . .
15 . . . . C . .
16 . . . . A . .
17 . . . . G . .
18 . . . . A . .
19 . . . . T . .
20 . . . . A . .
21 . . . . A . .
22 . . . . T . .
23 . . . . G . .
24 . . . . C . .
25 . . . . A . .
26 . . . . G . .
27 . . . A A . A
28 . . . A A . A
29 . . . A A . A
30 . . . G G . G
31 . . . G G . G
32 . . . C C . C
33 . . . A A . A
34 . . . T T . T
35 . . . G G . G
36 . . . T T . T
37 . . . T T . T
38 . . . T T . T
39 . . . A A . A
40 . . . G G . G
41 . . . T T . T
42 . . . A A . A
43 . . . T T . T
44 . . . T T . T
45 . . . A A . A
46 . . . G G . G
47 . . . A A . A
48 . . . T T . T
49 . . . G G . G
50 . . . T T . T
51 . . . C T . T
52 . . . A A . A
53 . . . T C . C
54 . . . T A . A
55 . . . T G . G
56 . . . C C . C
57 . . . A A . A
58 . . . T T . T
59 . . . T T . T
60 . . . T T . T
61 . . . G G . G
62 . . . T T . T
63 . . . G G . G
64 . . . C C . C
65 . . . T T . T
66 . . . A A . A
67 . . . A A . A
68 . . . T T . T
69 . . . G G . G
70 . . . G G . G
71 . . . C C . C
72 . . . A A . A
73 . . . C C . C
74 . . . A A . A
75 . . . A A . A
76 . . . G G . G
77 . . . T T . T
78 . . . C C . C
79 . . . C C . C
80 . . . T T . T
81 . . . T T . T
82 . . . G G . G
83 . . . T T . T
84 . . . G G . G
85 . . . A A . A
86 . . . G G . G
87 . . . A A . A
88 . . . A A . A
89 . . . A A . A
90 . . . A A . A
91 . . . G G . G
92 . . . C C . C
93 . . . A A . A
94 . . . T T . T
95 . . . A A . A
96 . . . A A . A
97 T . . T T . T
98 A . . A A . A
99 A . . A A . A
100 A . . A A . A
101 T . . T T . T
102 G . . C C . C
103 T . . T T . T
104 T . . T T . T
105 G . . G G . G
106 A . . A A . A
107 A . . A A . A
108 A . . A A . A
109 A . . A A . A
110 T . . T T . T
111 A . . A A . A
112 G . . G G . G
113 T . . T T . T
114 A . . A A . A
115 T . . T T . T
116 G . . G G . G
117 A . . C C . C
118 G . . G G . G
119 A . . A A . A
120 A . . A A . A
121 A . . A A . A
122 T . . T T . T
123 T . . T T . T
124 G . . G G . G
125 G . . G G . G
126 A . . A A . A
127 T . . T T . T
128 A . . A A . A
129 T . . C C . C
130 T . . C C . C
131 A . . C C . C
132 T . . T T . T
133 T . . T T . T
134 A . . A A . A
135 A . . A A . A
136 G . . G G . G
137 T . . T T . T
138 T . . T T . T
139 G . . G G . G
140 T . . C C . C
141 A . . A A . A
142 T . . T T . T
143 A . . A A . A
144 T . . T T . T
145 A . . A A . A
146 G . . G G . G
147 A . . A A . A
148 G . . C C . C
149 A . . A A . A
150 T . . T T . T
151 A . . A A . A
152 G . . G G . G
153 T . . C C . C
154 T . . T T . T
155 G . . G G . G
156 A . . A A . A
157 T . . A A . A
158 T . . A A . A
159 C . . G G . G
160 C . . C C . C
161 C . . G G . G
162 A . . A A . A
163 C . . C C . C
164 A . . A A . A
165 A . . A A . A
166 A . . T T . T
167 G . . G G . G
168 A . . G G . G
169 C . . C C . C
170 A . . A A . A
171 T . . T T . T
172 - . . T T . T
173 C . . C C . C
174 T . . T T . T
175 T . . T T . T
176 A . . A A . A
177 A . . A A . A
178 G . . G G . G
179 C . . C C . C
180 C . . C C . C
181 T . . C C . C
182 A . . A A . A
183 T . . C C . C
184 C . . C C . C
185 A . . A A . A
186 T . . T T . T
187 G . . G G . G
188 G . . G G . G
189 C . . C C . C
190 T . . T T . T
191 C . . C C . C
192 T . . T T . T
193 T . . T T . T
194 C . . C C . C
195 C . . C C . C
196 C . . C C . C
197 C . . C C . C
198 T . . T T . T
199 G . . G G . G
200 T . . T T . T
201 T . . T T . T
202 C . . C C . C
203 T . . T T . T
204 A . . A A . A
205 A . . A A . A
206 A . . A A . A
207 A . . A A . A
208 T . . T T . T
209 C . . C C . C
210 T . . T T . T
211 G . . G G . G
212 T . . T T . T
213 T . . T T . T
214 T . . T T . T
215 C . . C C . C
216 C . . C C . C
217 A . . A A . A
218 C . . C C . C
219 C . . C C C C
220 C . . C C C C
221 A . . A A A A
222 C . . T T T T
223 G . . G G G G
224 G . . G G G G
225 T . . T T T T
226 A . . A A A A
227 C . . C C C C
228 G . . G G G G
229 A . . A A A A
230 A . . A A A A
231 G . . G G G G
232 A . . A A A A
233 T . . T T T T
234 A . . A A A A
235 A . . A A A A
236 C . . C C C C
237 C . . C C C C
238 T . . T T T T
239 T . . T T T T
240 A . . A A A A
241 T . . T T T T
242 C . . C C C C
243 A . . A A A A
244 T . . T T T T
245 C . . C C A C
246 G . . G G G G
247 T . . T T T T
248 C . . C C C C
249 G . . G G G G
250 A . . A A A A
251 T T . T T T T
252 A A . A A A A
253 T T . T T T T
254 C C . C C C C
255 A A . A A A A
256 A A . A A A A
257 C C . C C C C
258 A A . A A A A
259 T T . T T T T
260 G G . G G G G
261 C C . C C C C
262 G G . G G G G
263 C C C C C T C
264 C C C C C C C
265 A A A A A A A
266 A A A A A T A
267 A A A A A A A
268 G G G G G G G
269 C C C C C T C
270 C C C C C C C
271 A A A A A A A
272 A A A A A A A
273 A A A A A A A
274 G G G G G G G
275 A A A A A A A
276 C C C C C C C
277 A A A A A A A
278 A A A A A A A
279 A A A A A A A
280 G G G G G G G
281 G G G G G G G
282 C C C C C C C
283 G G G G G G G
284 C C C C C C C
285 G G G A A A A 3 transition
286 G G G G G G G
287 G G G G G G G
288 T T T T T T T
289 C C C C C C C
290 C C C C C C C
291 T T T T T T T
292 C C C C C C C
293 T T T T T T T
294 C C C C C C C
295 A A A A A A A
296 C C C C C C C
297 G G G G G G G
298 A A A A A A A
299 C C C C C C C
300 T T T T T T T
301 C C C C C C C
302 T T T T T T T
303 G G G G G G G
304 C C C C C C C
305 C C C C C T C
306 T T T T T T T
307 T T T T T T T
308 G G G G G G G
309 G G G G G G G
310 C C C C C C C
311 T T T T T T T
312 G G G G G G G
313 T T T T T T T
314 T T T T T T T
315 G G G G A G G
316 T T T T T T T
317 A A A A A C A
318 C C C C C C C
319 T T T T T T T
320 G G G G G G G
321 T T T T T T T
322 G G G G G G G
323 A A A A A A A
324 T T T T T T T
325 C C C C C C C
326 C C C C C C C
327 A A A A A A A
328 T T T T T T T
329 G G G G G G G
330 G G G G G G G
331 C C C C C C C
332 A A A A A A A
333 A A A A A A A
334 G G G G G G G
335 G G G G G G G
336 G G G G G G G
337 C C C C C C C
338 A A A A A A A
339 A A A A A T A
340 A A A A A A A
341 C C C C C C C
342 G G G G G G G
343 A A A A A A A
344 A A A A A A A
345 T T T T T T T
346 T T T T T T T
347 T T T T T T T
348 C C C C C C C
349 T T T T T T T
350 T T T T T T T
351 C C C C C C C
352 T T T T T T T
353 C C C C C G C
354 G G G G G G G
355 G G G G G G G
356 C C C C C C C
357 A A A A A A A
358 G G G G G G G
359 A A A A A A A
360 A A A A A A A
361 T T T T T T T
362 T T T T T T T
363 C C C C C C C
364 C C C C C C C
365 A A A A A A A
366 T T T T T T T
367 G G G G G G G
368 G G G G G G G
369 A A A A A A A
370 A A A A A G A
371 C C C C C C C
372 A A A A A A A
373 A A A A A A A
374 C C C C C C C
375 A A A A A T A
376 C C C C C C C
377 A A A A A A A
378 T A A A A T A
379 T C C C C C C
380 T C C C C C C
381 T A A A A A A
382 A A A A A A A
383 G G G G G G G
384 A A A A A A A
385 T T T T T T T
386 G G G G G G G
387 G G G G G G G
388 G G G G G G G
389 T T T T T T T
390 G G G G G G G
391 C C C C C C C
392 A A A A A A A
393 A A A A A A A
394 A A A A A A A
395 C C C C C C C
396 A A A A A A A
397 C C C C C C C
398 C C C C C C C
399 A A A A A A A
400 T T T T T T T
401 T T T T T T T
402 A A A A A A A
403 A A A A A A A
404 T T T T T T T
405 G G G G G G G
406 T C C C C C C
407 T C C C C C C
408 T A A A A A A
409 T T T T T T T
410 A A A A A A A
411 G G G G G G G
412 G G G G G G G
413 T T T T T T T
414 T T T T T T T
415 G G G G G G G
416 C C C C C C C
417 A A A A A A A
418 A A A A A A A
419 T T T T T T T
420 A A A A A A A
421 G G G G G G G
422 T T T T T T T
423 T T T T T T T
424 T T T T T T T
425 T T T T T T T
426 G G G G G G G
427 T T T T T T T
428 T T T T T T T
429 A A A A A A A
430 T T T T T T T
431 C C C C C C C
432 C C C C C C C
433 T T T T T T T
434 C C C C C C C
435 - - - - - T -
436 C C C C C C C
437 A A A A A A A
438 C C C C C C C
439 A A A A A A A
440 A A A A A A A
441 C C C C C C C
442 A A A A A A A
443 A A A A A A A
444 G G G G G G G
445 A A A A A A A
446 T T T T T T T
447 A A A A A A A
448 A A A A A A A
449 G G G G A G G
450 T T T T T T T
451 A A A A A A A
452 G G G G G G G
453 G G G G G G G
454 G G G G G G G
455 T T T T T T T
456 C C C C C C C
457 T T T G G G G 3 transversion
458 C C C C C C C
459 C C C C C C C
460 C C C C C C C
461 T T T T T T T
462 - G G - - - -
463 - C C - - - -
464 - A A - - - -
465 - A A - - - -
466 - A A - - - -
467 - A A - - - -
468 - C C - - - -
469 - T T - - - -
470 T T T T T T T
471 T T T T T T T
472 A A A A A A A
473 A A A A A A A
474 A A A A A A A
475 C C C C C C C
476 C C C C C C C
477 C C C C C C C
478 T T T T T T T
479 G G G G G G G
480 A A A A A A A
481 G G G G G G G
482 T T T T T T T
483 G T T T T T T
484 A A A A A A A
485 G G G G G G G
486 G G G G G G G
487 G G G G G G G
488 T T T T T T T
489 T T T T T T T
490 C C C C C C C
491 T T T T T T T
492 A A A A A A A
493 T T T T T T T
494 C C C C C C C
495 A A A A A A A
496 C C C C C T C
497 C C C C C C C
498 A A A A A A A
499 G G G G G G G
500 G G G G G G G
501 G G G G G C G
502 C C C C C C C
503 C C C C C C C
504 A A A A A A A
505 T T T T T T T
506 G G G G G G G
507 A A A A A A A
508 G G G G G G G
509 T T T T T T T
510 T T T T T T T
511 T T T T T T T
512 T T T T T T T
513 G G G G G G G
514 A A A A A A A
515 C C C C C C C
516 C C C C C C C
517 C C C C C C C
518 A A A A A A A
519 C C C C C C C
520 G G G G G G G
521 C C C C C C C
522 G G G G G G G
523 G G G G G G G
524 A A A A A A A
525 C C C C C C C
526 T G G G G G G
527 C C C C C C C
528 A A A A A A A
529 A A A A A A A
530 G G G G G G G
531 A A A A A A A
532 A A A A A A A
533 C C C C C C C
534 A A A A A A A
535 T T T T T T T
536 C C C C C C C
537 G G G G G G G
538 T T T T T T T
539 T T T T T T T
540 T T T T T T T
541 C C C C C C C
542 C C C C C C C
543 A A A A A A A
544 A A A A A A A
545 G G G G G G G
546 C C C C C C C
547 G G G G G G G
548 C C C C C C C
549 A A A A A A A
550 T T T T T T T
551 C C C C C C C
552 T T T T T T T
553 T T T T T T T
554 T T T T T T T
555 A A A A A A A
556 G G G G G G G
557 C C C C C T C
558 T T T T T T T
559 A A A A A T A
560 C C C C C C C
561 A A A A A A A
562 G G G G G G G
563 A T T T T T T
564 T T T T T T T
565 C C C C C C C
566 C C C C C C C
567 A A A A A A A
568 G G G G G G G
569 T T T T T T T
570 G G G G G T G
571 C C C C C C C
572 C C C C C C C
573 C C C C C C C
574 G G G G G G G
575 A A A A A A A
576 T T T T T T T
577 C C C C C C C
578 C C C C C C C
579 T T T T T T T
580 C C C C C C C
581 C C C C C A C
582 T T T T T T T
583 G G G G G G G
584 A A A A A A A
585 A A A A A C A
586 C C C C C C C
587 C C C C C C C
588 T T T T T T T
589 G G G G G G G
590 G G G G G G G
591 G G G G G G G
592 G G G G G G G
593 G G G G G G G
594 C C C C C C C
595 A A A A A A A
596 C C C C C C C
597 A G G G G G G
598 A A A A A A A
599 A A A A A A A
600 G G G G G G G
601 A A A A A A A
602 A A A A A A A
603 G G G G G G G
604 G G G G G G G
605 C C C C C C C
606 G G G G G G G
607 G G G G G G G
608 C C C C C C C
609 G G G G G G G
610 T T T T T T T
611 A A A A A A A
612 A G G G G G G
613 G G G G G G G
614 G G G G G G G
615 A A A A A A A
616 A A A A A T A
617 C C C C C C C
618 C C C C C C C
619 A A A A A A A
620 G G G G G G G
621 C C C C C C C
622 A A A A A A A
623 T T T T T T T
624 C C C C C C C
625 G G G G G G G
626 T T T T T T T
627 C C C C C C C
628 G G G G G G G
629 C C C C C C C
630 G G G G G G G
631 G G G G G G G
632 T T T T T T T
633 G G G G G G G
634 G G G G G G G
635 G G G G G G G
636 C C C C C C C
637 A A A A A A A
638 G G G G G G G
639 C C C C C C C
640 G G G G G G G
641 A A A A A A A
642 C C C C C C C
643 A A A A A A A
644 C C C C C C C
645 G G G G G G G
646 G G G G G G G
647 C C C C C C C
648 A G G G G T G
649 C C C C C C C
650 C C C C C C C
651 G G G G G G G
652 A A A A A A A
653 T G G G G G G
654 G G G G G G G
655 A A A A A A A
656 T G G G G G G
657 A A A A A A A
658 A A A A A A A
659 G G G G G G G
660 A A A A A A A
661 A A A A A A A
662 G G G G G G G
663 G G G G G G G
664 T T T T T T T
665 T T T T T T T
666 C C C C C C C
667 A A A A A T A
668 T T T T T T T
669 G G G G G G G
670 A A A A A A A
671 G G G G G G G
672 C C C C C C C
673 T T T T T T T
674 G G G G G G G
675 C C C C C C C
676 C C C C C C C
677 T T T T T T T
678 C C C C C C C
679 T T T T T T T
680 T T T T T T T
681 T T T T T T T
682 . C C C C T C
683 . C C C C C C
684 . C C C C C C
685 . A A A A A A
686 . T T T T T T
687 . G G G G G G
688 . T T T T T T
689 . C C C C C C
690 . C C C C C C
691 . G G G G G G
692 . G G G G G G
693 . C C C C C C
694 . A A A A A A
695 . C C C C C C
696 . T T T T T T
697 . C C C C C C
698 . T T T T T T
699 . G G G G G G
700 . T T T T T T
701 . C C C C C C
702 . A A A A A A
703 . G G G G G G
704 . C C C C C C
705 . T T T T T T
706 . G G G G G G
707 . A A A A A A
708 . G G G G G G
709 . A A A A A A
710 . T T T T T T
711 . G G G G C G
712 . C C C C C C
713 . T T T T T T
714 . G G G G G G
715 . G G G G G G
716 . T T T T T T
717 . C C C C C C
718 . G G G G G G
719 . C C C C C C
720 . C C T T T T
721 . T T T T T T
722 . G G G G G G
723 . G G G G G G
724 . C C C C C C
725 . A A A A A A
726 . G G G G G G
727 . G G G G G G
728 . T T T T T T
729 . G G G G G G
730 . A A A A A A
731 . T T T T T T
732 . C C C C C C
733 . T T T T T T
734 . T T T T T T
735 . C C C C C C
736 . C C C C C C
737 . C C C C C C
738 . C C C C C C
739 . C C C C C C
740 . T T T T T T
741 . C C C C C C
742 . C C C C C C
743 . G G G G G G
744 . C C C C C C
745 . T T T T T T
746 . C C C C C C
747 . C C C C C C
748 . T T T T T T
749 . T T T T T T
750 . C C C C C C
751 . C C C C T C
752 . C C C C C C
753 . C C C C C C
754 . G G G G G G
755 . G G G G G G
756 . A A A A A A
757 . C C C C T C
758 . T T T T T T
759 . G G G G G G
760 . G G G G G G
761 . G G G G G G
762 . G G G G G G
763 . A A A A A A
764 . G G G G G G
765 . C C C C C C
766 . G G G G G G
767 . C C C C C C
768 . C C C C C C
769 . C C C C C C
770 . G G G G G G
771 . C C C C C C
772 . T T T T T T
773 . T T T T T T
774 . G G G G G G
775 . C C C C C C
776 . T T T T T T
777 . C C C C C C
778 . A A A A A A
779 . G G A G G G
780 . G G G G G G
781 . A A A A A A
782 . G G G G G G
783 . C C C C C C
784 . G G G G G G
785 . A A A A A A
786 . C C C C C C
787 . T T T T T T
788 . G G G G G G
789 . C C C C C C
790 . G G G G G G
791 . A A A A A A
792 . C C C C C C
793 . G G G G G G
794 . G G G G G G
795 . C C C C C C
796 . G G G G G G
797 . C C C C C C
798 . A A A A A A
799 . A A A A A A
800 . A A . A A A
801 . G G . G G G
802 . A A . A A A
803 . T T . T T T
804 . G G . G G G
805 . C C . C C C
806 . C C . C C C
807 . A A . A A A
808 . T T . T T T
809 . T T . T T T
810 . T T . T T T
811 . T T . T T T
812 . T T . T T T
813 . A A . A A A
814 . G G . G G G
815 . C C . C C C
816 . C C . C C C
817 . G G . G G G
818 . A A . A A A
819 . G G . G G G
820 . G G . G G G
821 . A A . A A A
822 . G G . G G G
823 . A A . A A A
824 . G G . G G G
825 . C C . C C C
826 . T T . T T T
827 . G G . G G G
828 . - - . - C -
829 . A A . A A A
830 . G G . G G G
831 . A A . A A A
832 . T T . T T T
833 . G G . G G G
834 . G G . G G G
835 . G G . G G G
836 . G G . G G G
837 . C C . C C C
838 . G G . G G G
839 . . G . G G G
840 . . C . A A A
841 . . . . G G G
842 . . . . G G G
843 . . . . C C C
844 . . . . G G G
845 . . . . G G G
846 . . . . T T T
847 . . . . G G G
848 . . . . G G G
849 . . . . A A A
850 . . . . G G G
851 . . . . A A A
852 . . . . G G G
853 . . . . A A A
854 . . . . G G G
855 . . . . T T T
856 . . . . G G G
857 . . . . G G G
858 . . . . T T T
859 . . . . G G G
860 . . . . G G G
861 . . . . A A A
862 . . . . G G G
863 . . . . . T G
864 . . . . . C C
865 . . . . . C C
866 . . . . . A A
867 . . . . . T T
868 . . . . . G G
869 . . . . . G G
870 . . . . . C C
871 . . . . . G G
872 . . . . . A A
873 . . . . . G G
874 . . . . . C C
875 . . . . . G G
876 . . . . . G G
877 . . . . . T T
878 . . . . . A A
879 . . . . . G G
880 . . . . . A A
881 . . . . . A A
882 . . . . . T T
883 . . . . . G G
884 . . . . . C C
885 . . . . . . G
886 . . . . . . G
887 . . . . . . T
888 . . . . . . A
889 . . . . . . G
890 . . . . . . C
891 . . . . . . T
892 . . . . . . G
893 . . . . . . C
894 . . . . . . T
895 . . . . . . A
896 . . . . . . C
897 . . . . . . T
898 . . . . . . T
899 . . . . . . G
900 . . . . . . A
901 . . . . . . C
902 . . . . . . C
903 . . . . . . G
904 . . . . . . C
905 . . . . . . G
906 . . . . . . T
907 . . . . . . G
908 . . . . . . C