Contig Alignment

Base A B C D E F G H I J K L M N O P Q R
1 . . . . . . . . . . . . . . A . . .
2 . . . . . . . . . . . . . . T . . .
3 . . . . . . . . . . . . . . T . . .
4 . . . . . . . . . . . . . . T . . .
5 . . . . . . . . . . . . . . T . . .
6 . . . . . . . . . . . . . . T . . .
7 . . . . . . . . . . . . . . T . . .
8 . . . T . . . . . . . . . . T . . .
9 . . . T . . . . . . . . . . T . . .
10 . . . T . . . . . . . . . . T . . .
11 . . . G . . . . . . . . . . G . . .
12 . . . A . . . . . . . . . . A . . .
13 . . . T . . . . . . . . . . T . . .
14 . T . T . . . . . . . . . . T . . .
15 . T . T . . . . . . . . . . T . . .
16 . A . A . . . . . A . . . . A . . .
17 . G . G . . . . . G . . . . G . . .
18 . A . A . . . . . A . . . . A . . .
19 . T . T . . . . . T . . . . T . . .
20 . C . C . . . . . C . . . . C . . .
21 . A . A . . . . . A . . . . A . . .
22 . T . T . . . . . T . . . . T . . .
23 . G . G . . . . . G . . . . G . . .
24 . A . A . . . . . A . . . . A . . .
25 . A . A . . . . . A . . . . A . . .
26 . A . A . . . . . A . . . . A . . .
27 . A . A . . . . . A . . . . A . . .
28 . T . T T . T . . T . . . . T . . .
29 . T . T T . T . . T . . . . T . . .
30 . T . T T . T . . T . . . . T . . .
31 . T . T T . T . . T . . . . T . . .
32 . C . C C . C . C C . . . . C . . .
33 . A . A A . A . A A . . . . A . . .
34 . C . C C . C . C C . . . . C . . .
35 . T . T T . T . T T . . . . T . . .
36 . G . G G . G . G G . . . . G . . .
37 . A . A A . A . A A . . . . A . . .
38 . A A A A A A . A A . . . . A . . .
39 . A A A A A A . A A . . . . A . . .
40 . T T T T T T . T T . . . . T . . .
41 . A A A A A A . A A . . . . A . . .
42 G G G G G G G . G G . . . . G . . .
43 G G G G G G G . G G . . . . G . . .
44 A A A A A A A . A A . . . . A . . .
45 A A A A A A A . A A . . . . A . . .
46 C C C C C C C . C C . . . . C . . .
47 T T T T T T T . T T . . . . T . . .
48 T T T T T T T . T T . . . . T . . .
49 G G G G G G G . G G . . . . G . . .
50 A A A A A A A . A A . . . . A . . .
51 C C C C C C C . C C . . . . C . . .
52 A A A A A A A . A A . . . . A . . .
53 C C C C C C C . C C . . . . C C . .
54 A A A A A A A . A A . . . . A A . .
55 G G G G G G G . G G . . . . G G . .
56 T T T T T T T . T T . . . . T T . .
57 C C C C C C C C C C . . . . C C . .
58 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
59 C C C C C C C C C C . . . . C C . .
60 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
61 G G G G G G G G G G . . . . G G . .
62 G G G G G G G G G G . . . . G G . .
63 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
64 G G G G G G G G G G . . . . G G . .
65 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
66 C C C C C C C C C C . . . . C C . .
67 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
68 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
69 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
70 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
71 T T T T T T T T T T . . . . T N . .
72 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
73 C C C C C C C C C C . . . . C C . .
74 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
75 G G G G G G G G G G . . . . G G . .
76 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
77 G G C G G G G G G G . . . . G G . .
78 C C C C C C C C C C . . . . C C . .
79 C C T C C C C C C C . . . . C C . .
80 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
81 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
82 G G G G G G G G G G . . . . G G . .
83 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
84 G G G G G G G G G G . . . . G G . .
85 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
86 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
87 G G G G G G G G G G . . . . G G . .
88 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
89 T T T T T T T T T T . . . . T T . .
90 A A A A A A A A A A . . . . A A . .
91 A A A A A A A A A A . . . . A A A .
92 G G G G G G G G G G . . . . G G G .
93 G G G G G G G G G G . . . . G G G .
94 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
95 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
96 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
97 A A A A A A A A A A . A A . A A C .
98 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
99 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
100 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
101 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
102 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
103 T T T T T T T T T T . T T . T T G .
104 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
105 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
106 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
107 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
108 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
109 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
110 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
111 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
112 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
113 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
114 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
115 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
116 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
117 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
118 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
119 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
120 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
121 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
122 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
123 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
124 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
125 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
126 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
127 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
128 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
129 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
130 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
131 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
132 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
133 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
134 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
135 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
136 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
137 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
138 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
139 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
140 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
141 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
142 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
143 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
144 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
145 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
146 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
147 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
148 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
149 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
150 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
151 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
152 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
153 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
154 A A A A A A A A A A . A A . A A T .
155 T T T T T T T T T T . T T . T T G .
156 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
157 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
158 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
159 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
160 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
161 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
162 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
163 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
164 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
165 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
166 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
167 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
168 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
169 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
170 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
171 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
172 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
173 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
174 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
175 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
176 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
177 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
178 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
179 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
180 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
181 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
182 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
183 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
184 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
185 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
186 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
187 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
188 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
189 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
190 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
191 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
192 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
193 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
194 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
195 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
196 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
197 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
198 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
199 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
200 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
201 G G G G G G G G G G . G G . G G G .
202 T T T T T T T T T T . T T . T T T .
203 A A G G G G G G G G . G G . A G G .
204 A A A A A A A A A A . A A . A A A .
205 C C C C C C C C C C . C C . C C C .
206 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
207 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
208 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
209 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
210 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
211 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
212 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
213 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
214 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
215 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
216 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
217 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
218 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
219 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
220 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
221 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
222 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
223 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
224 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
225 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
226 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
227 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
228 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
229 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
230 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
231 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
232 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
233 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
234 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
235 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
236 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
237 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
238 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
239 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
240 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
241 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
242 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
243 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
244 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
245 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
246 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
247 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
248 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
249 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
250 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
251 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
252 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
253 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
254 G G A A A A A A A A G A A . G A A .
255 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
256 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
257 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
258 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
259 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
260 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
261 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
262 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
263 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
264 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
265 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
266 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
267 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
268 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
269 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
270 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
271 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
272 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
273 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
274 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
275 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
276 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
277 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
278 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
279 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
280 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
281 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
282 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
283 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
284 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
285 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
286 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
287 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
288 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
289 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
290 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
291 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
292 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
293 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
294 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
295 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
296 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
297 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
298 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
299 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
300 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
301 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
302 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
303 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
304 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
305 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
306 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
307 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
308 A A C C C C C C C C A C C . A C C .
309 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
310 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
311 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
312 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
313 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
314 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
315 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
316 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
317 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
318 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
319 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
320 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
321 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
322 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
323 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
324 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
325 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
326 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
327 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
328 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
329 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
330 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
331 C C C C C C C C C C C C C . C C C .
332 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
333 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
334 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
335 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
336 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
337 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
338 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
339 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
340 G G G G G G G G G G G G G . G G G .
341 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
342 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
343 T T T T T T T T T T T T T . T T T .
344 A A A A A A A A A A A A A . A A A .
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