Contig Alignment

Base A B C D E
1 . . . T .
2 . . . G .
3 . . . A .
4 . . . A .
5 . . . A .
6 . . . A .
7 . . . A .
8 . . . G .
9 . . . G .
10 . . . G .
11 . . . C .
12 . . . G .
13 . . . A .
14 . . . G .
15 . . . A .
16 . . . A .
17 . . . A .
18 . . . T .
19 . . . T .
20 . . . G .
21 . . . C .
22 . . . A .
23 . . . G .
24 . . . C .
25 . . . C .
26 . . . A .
27 . . . A .
28 . . . A .
29 . . . A .
30 . . . T .
31 . . . A .
32 . . . A .
33 . . . A .
34 . . . A .
35 . . . G .
36 . . . A .
37 . . . A .
38 . . . A .
39 . . . T .
40 . . . A .
41 . . . T .
42 . . . A .
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51 . . . T .
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56 . . . A .
57 . . . T .
58 . . . A .
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61 . . . T .
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89 T T . T .
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105 T T . T .
106 T T . A .
107 T T . - .
108 G G . - .
109 A A A A .
110 T T T T .
111 A A A A A
112 A A A A A
113 A A A A A
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178 - - A A A 2 indel
179 - - - A -
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628 G . G G G
629 G . G G G
630 C . C C C
631 C . C C C
632 G . G G G
633 G . G G G
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747 . . . G G
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