Contig Alignment

Base A B C D E
1 G . . . .
2 C . . . .
3 A . . . .
4 C . . . .
5 G . . . .
6 A . . . .
7 G . . . .
8 G . . . .
9 C . . . .
10 C C . . .
11 A A . . .
12 T T . . .
13 C C . . .
14 C C . . .
15 T T . . .
16 C C . . .
17 T T . . .
18 T T . . .
19 T C . . .
20 T T . . .
21 C C . . .
22 C C . . .
23 G G . . .
24 T T . . .
25 C C . . .
26 T T . . .
27 C C . . .
28 C C . . .
29 C C . . .
30 A A . . .
31 A A . . .
32 G G . . .
33 A A . . .
34 A A . . .
35 C C . . .
36 A A . . .
37 A A . . .
38 T T . . .
39 G G . . .
40 G G . . .
41 C C . . .
42 C C C C .
43 G G G G .
44 C C C C .
45 G G G G .
46 T T T T .
47 T T T T .
48 C C C C .
49 A A A A .
50 G G G G .
51 A A A A .
52 G G G G .
53 A A A A .
54 C C C C .
55 A A A A .
56 A A C C . 2 transversion
57 T T T T .
58 T T T T .
59 T T C C . 2 transition
60 C C C C .
61 G G G G .
62 T T T T .
63 C C T T . 2 transition
64 G G G G .
65 C C C C .
66 T T T T .
67 T T T T .
68 C C C C .
69 C C C C .
70 T T T T .
71 T T T T .
72 C C C C .
73 C C C C .
74 T T T T .
75 C C C C .
76 T T C C . 2 transition
77 T T T T .
78 C C C C .
79 G G C C . 2 transversion
80 T T T T .
81 C C C C .
82 G G G G .
83 T T C C . 2 transition
84 C C C C .
85 G G G G .
86 T T T T .
87 T T T T .
88 T T T T .
89 T T T T .
90 C C C C .
91 G G G G .
92 C C C C .
93 T T C C . 2 transition
94 A A G G . 2 transition
95 C C C C .
96 C C G G . 2 transversion
97 T T T T .
98 A A A A .
99 C C C C .
100 C C C C .
101 T T T T .
102 G G G G .
103 T T T T .
104 G G G G .
105 C C C C .
106 G G G G .
107 G G G G .
108 C C C C .
109 C C C C .
110 G G G G .
111 A A A A .
112 G G G G .
113 T T C C . 2 transition
114 G G C C . 2 transversion
115 C C C C .
116 T T T T .
117 A A A A .
118 G G G G .
119 C C C C .
120 C C C C .
121 T T G G . 2 transversion
122 C C C C .
123 C C C C .
124 G G G G .
125 A A A A .
126 C C C C .
127 G G G G .
128 C C C C .
129 T T T T .
130 C C C C .
131 C C C C .
132 C C C C .
133 G G G G .
134 C C C C .
135 T T G G . 2 transversion
136 C C C C .
137 C C C C .
138 C C C C .
139 A A A A .
140 G G G G .
141 T T C C . 2 transition
142 C C C C .
143 C C C C .
144 C C C C .
145 A A A A .
146 C C T T . 2 transition
147 C C C C .
148 T T T T .
149 C C C C C
150 C C C C C
151 T T T T T
152 C C C C C
153 T T T T T
154 G G T T T 2 transversion
155 C C C C C
156 C C C C C
157 G G G G G
158 G G G G G
159 C C C C C
160 G G G G G
161 C C C C C
162 G G G G G
163 C C C C C
164 T T T T T
165 C C C C C
166 T T T T T
167 C C C C C
168 C C C C C
169 C C C C C
170 C C C C C
171 G G G G G
172 C C C C C
173 C C C C C
174 C C C C C
175 C C C C C
176 T T T T T
177 G G G G G
178 G G G G G
179 C C C C C
180 C C C C C
181 G G G G G
182 T T T T T
183 C C C C C
184 T T T T T
185 T T T T T
186 C C C C C
187 A A G G G 2 transition
188 T T T T T
189 T T T T T
190 T T T T T
191 T T T T T
192 C C C C C
193 G G G G G
194 C C C C C
195 T T T T T
196 T T T T T
197 C C C C C
198 C C C C C
199 T T T T T
200 C C C C C
201 G G G G G
202 G G G G G
203 C C C C C
204 C C C C C
205 G G G G G
206 C C C C C
207 C C C C C
208 C C C C C
209 T T T T T
210 C C C C C
211 C C C C C
212 T T T T T
213 C C C C C
214 C C C C C
215 T T T T T
216 C C C C C
217 T T G G G 2 transversion
218 T T T T T
219 C C C C C
220 G G G G G
221 G G G G G
222 A A A A A
223 T T T T T
224 C C C C C
225 C C C C C
226 C C C C C
227 T T T T T
228 C C C C C
229 C C C C C
230 G G G G G
231 C C C C C
232 G G G G G
233 G G G G G
234 T T T T T
235 T T T T T
236 G G G G G
237 A A A A A
238 T T T T T
239 G G G G G
240 G G G G G
241 A A A A A
242 T T T T T
243 C C C C C
244 T T T T T
245 G G G G G
246 G G G G G
247 A A C A A
248 C C C C C
249 C C C C C
250 C C C C C
251 T T T T T
252 G G G G G
253 G G G G G
254 T T T T T
255 T T T T T
256 C C C C C
257 T T T T T
258 C C C C C
259 G G G G G
260 T T T T T
261 T T T T T
262 C C C C C
263 T T T T T
264 G G G G G
265 A A A A A
266 T T T T T
267 C C C C C
268 G G G G G
269 C C C C C
270 C C C C C
271 T T T T T
272 C C C C C
273 T T T T T
274 G G A A A 2 transition
275 G G G G G
276 A A G G G 2 transition
277 C C C C C
278 A A A A A
279 C C C C C
280 T T T T T
281 C C C C C
282 G G G G G
283 G G G G G
284 A A A A A
285 T T T T T
286 T T T T T
287 T T T T T
288 C C A A A 2 transversion
289 T T T T T
290 G G G G G
291 T T T T T
292 T T T T T
293 C C C C C
294 T T T T T
295 T T T T T
296 T T T T T
297 A A A A A
298 G G G G G
299 A A A A A
300 G G G G G
301 T T T T T
302 T T T T T
303 T T T T T
304 G G A A A 2 transition
305 C C C C C
306 T T T T T
307 T T T T T
308 T T T T T
309 T T T T T
310 A A A A A
311 A A A A A
312 C C C C C
313 A A A A A
314 A A A A A
315 T T T T T
316 G G G G G
317 T T T T T
318 T T T T T
319 G G G G G
320 T T T T T
321 T T T T T
322 G G G G G
323 T T T T T
324 T T T T T
325 G G G G G
326 G G G G G
327 T T T T T
328 A A T T T 2 transversion
329 . . . G G
330 . . . T T
331 . . . G G
332 . . . A A
333 . . . T T
334 . . . C C
335 . . . T T
336 . . . G G
337 . . . T T
338 . . . G G
339 . . . C C
340 . . . G G
341 . . . C C
342 . . . T T
343 . . . T T
344 . . . A A
345 . . . G G
346 . . . C C
347 . . . A A
348 . . . T T
349 . . . T T
350 . . . G G
351 . . . A A
352 . . . G G
353 . . . A A
354 . . . C C
355 . . . T T
356 . . . C C
357 . . . T T
358 . . . G G
359 . . . T T
360 . . . A A
361 . . . G G
362 . . . A A
363 . . . T T
364 . . . A A
365 . . . C C
366 . . . G G
367 . . . A A
368 . . . C C
369 . . . A A
370 . . . C C
371 . . . C C
372 . . . T T
373 . . . T T
374 . . . T T
375 . . . G G
376 . . . T T
377 . . . T T
378 . . . G G
379 . . . C C
380 . . . A A
381 . . . G G
382 . . . A A
383 . . . G G
384 . . . A A
385 . . . T T
386 . . . T T
387 . . . G G
388 . . . A A
389 . . . T T
390 . . . G G
391 . . . C C
392 . . . G G
393 . . . C C
394 . . . T T
395 . . . A A
396 . . . T T
397 . . . C C
398 . . . G G
399 . . . A A
400 . . . T T
401 . . . T T
402 . . . A A
403 . . . T T
404 . . . A A
405 . . . T T
406 . . . T T
407 . . . T T
408 . . . T T
409 . . . C C
410 . . . T T
411 . . . G G
412 . . . T T
413 . . . T T
414 . . . T T
415 . . . C C