Contig Alignment

Base A B C D E
1 . C . . .
2 . G . . .
3 . C . . .
4 . T . . .
5 . C . . .
6 . T . . .
7 . G . . .
8 . A . . .
9 . T . . .
10 . C . . .
11 . T . . .
12 . G . . .
13 . T . . .
14 . G . . .
15 . G . . .
16 . A . . .
17 . A . . .
18 . T . . .
19 . C . . .
20 . G . . .
21 . C . . .
22 . T . . .
23 . A . . .
24 . G . . .
25 . G . . .
26 . C . . .
27 . G . . .
28 . A . . .
29 . A . . .
30 . C . . .
31 . C C . .
32 . C C . .
33 . T T . .
34 . T T . .
35 . C C . .
36 . T T . .
37 . G G . .
38 . C C . .
39 . G G . .
40 . C C . .
41 . C C . .
42 . G G . .
43 . A A . .
44 . T T . .
45 . C C . .
46 . G G . .
47 . C C . .
48 . C C . .
49 . C C . .
50 . G G . .
51 . T T . .
52 . C C . .
53 . A A . .
54 . T T . .
55 . G G . .
56 . G T . .
57 . T T . .
58 . G C . .
59 T T T . .
60 C C C . .
61 G G G . .
62 C C C . .
63 G G G . .
64 T T T . .
65 C C C . .
66 T T T . .
67 G G G . .
68 G G G . .
69 C C C . .
70 G G G . .
71 G G G . .
72 C C C . .
73 C C C . .
74 A A A . .
75 A A A . .
76 A G A . .
77 C C C . .
78 G G G . .
79 C C C . .
80 C C C . .
81 T T T . .
82 C C C . .
83 T T T . .
84 T T T . .
85 G G G . .
86 G G G . .
87 A A A . .
88 G G G . .
89 A A A . .
90 T T T . .
91 T T T . .
92 C C C . .
93 G G G . .
94 C C C . .
95 C C C . .
96 G G G . .
97 G G G . .
98 G G G . .
99 T T T . .
100 G G G . .
101 C C C . .
102 T T T . .
103 G G G . .
104 C C C . .
105 G G G . .
106 T T T . .
107 C C C . .
108 C C C . .
109 G G G . .
110 T T T . .
111 C C C . .
112 G G G . .
113 C C C . .
114 T T T . .
115 G G G . .
116 G C G . .
117 C C C . .
118 G G G . .
119 C C C . .
120 T T T . .
121 T T T . .
122 T T T . .
123 C C C . .
124 T T T . .
125 T T T . .
126 C C C . .
127 G G G . .
128 C G C . .
129 C C C . .
130 C C C . .
131 G G G . .
132 C C C . .
133 T T T . .
134 T T T . .
135 C C C . .
136 T T T . .
137 A A A . .
138 C C C . .
139 T T T . .
140 G G G . .
141 C C C . .
142 C C C . .
143 G G G . .
144 C C C . .
145 A A A . .
146 A A A . .
147 G G G . .
148 A A A . .
149 T T T . .
150 C C C . .
151 C C C . .
152 T T T . .
153 T T T . .
154 C C C . .
155 T T T . .
156 C C C . .
157 C C C . .
158 A A A . .
159 C C C . .
160 A A A . .
161 G G G . .
162 C C C . .
163 C C C . .
164 C C C . .
165 T T T . .
166 G G G . .
167 A A A . .
168 A A A . .
169 C C C . .
170 T T T . .
171 A A A . .
172 T T T . .
173 C C C . .
174 A A A . .
175 C C C . .
176 A A A . .
177 T T T . .
178 T T T . .
179 G G G . .
180 A A A . .
181 T T T . .
182 T T T . .
183 C C C . .
184 G G G . .
185 C C C . .
186 C C C . .
187 G G G . .
188 G G G . .
189 A A A . .
190 T T T . .
191 A A A . .
192 A A A . .
193 C C C . .
194 A A A . .
195 A A A . .
196 G G G . .
197 C C C . .
198 C C C . .
199 C C C . .
200 G G G . .
201 A A A . .
202 C C C . .
203 G A G . .
204 C C C . .
205 A A A . .
206 C C C . .
207 C T C . .
208 A A A . .
209 T T T . .
210 G G G . .
211 G G G . .
212 G G G . .
213 A A A . .
214 A A A . .
215 T T T . .
216 T T T . .
217 T T T . .
218 A A A . .
219 C G C . .
220 T T T . .
221 G G G . .
222 C C C . .
223 C C C . .
224 G T G . .
225 C C C . .
226 G G G . .
227 A A A . .
228 A A A . .
229 T T T . .
230 A A A . .
231 T T T . .
232 G G G . .
233 G G G . .
234 A A A . .
235 G G G . .
236 A A A . .
237 G G G . .
238 G G G . .
239 G G G . .
240 T T T . .
241 C C C . .
242 A A A . .
243 A A A . .
244 G G G . .
245 G G G . .
246 A A A . .
247 G G G . .
248 A A A . .
249 T T T . .
250 A A A . .
251 A A A . .
252 T T T . .
253 G G G . .
254 T T T . .
255 C C C . .
256 C C C . .
257 C C C . .
258 A A A . .
259 T T T . .
260 T T T . .
261 A A A . .
262 T T T . .
263 C C C . .
264 C C C . .
265 T T T . .
266 T T T . .
267 C C C . .
268 A A A . .
269 A A A . .
270 A A A . .
271 T T T . .
272 T T T . .
273 A A A . .
274 C C C . .
275 A A A . .
276 A A A . .
277 G G G . .
278 C C C . .
279 A A A . .
280 A A A . .
281 T T T . .
282 C C C . .
283 T T T . .
284 G G G . .
285 C C C . .
286 T T T . .
287 G G G . .
288 T T T . .
289 T T T . .
290 A A A . .
291 C T T . .
292 - T T . .
293 C C C C .
294 C C C C .
295 T T T T .
296 T C T T .
297 T T T T .
298 A A A A .
299 T T T T .
300 T T T T .
301 G G G G .
302 G G G G .
303 A A A A .
304 T T T T .
305 C C C C .
306 T T T T .
307 T T T T .
308 G G G G .
309 C C C C .
310 A A A A .
311 C C C C .
312 A A A A .
313 G G G G .
314 C C C C .
315 A A A A .
316 A A A A .
317 C C C C .
318 A A A A .
319 A A A A .
320 C C C C .
321 A A A A .
322 T T T T .
323 G G G G .
324 G G G G .
325 T T T T .
326 G G G G .
327 G G G G .
328 A A A A .
329 T T T T .
330 G G G G .
331 G G G G .
332 C C C C .
333 T T T T .
334 A A A A .
335 C C C C .
336 C C C C .
337 C T C C .
338 G G G G .
339 T T T T .
340 T T T T .
341 T T T T .
342 C C C C .
343 T T T T .
344 G G G G .
345 C C C C .
346 A A A A .
347 A A A A .
348 T T T T .
349 G G G G .
350 A A A A .
351 A A A A .
352 T T T T .
353 G G G G .
354 C C C C .
355 T T T T .
356 G G G G .
357 T T T T .
358 G G G G .
359 G G G G .
360 C C C C .
361 A A A A .
362 A A A A .
363 A A A A .
364 G G G G .
365 G A G G .
366 T T T T .
367 T T T T .
368 A A A A .
369 T T T T .
370 A A A A .
371 G G G G .
372 A A A A .
373 A A A A .
374 G G G G .
375 T T T T .
376 T T T T .
377 G G G G .
378 C C C C .
379 T T T T .
380 C C C C .
381 C C C C .
382 C C C C .
383 A A A A .
384 T T T T .
385 A A A A .
386 C C C C .
387 G G G G .
388 T T T T .
389 G G G G .
390 T T T T .
391 C C C C .
392 T T T T .
393 A A A A .
394 T T T T .
395 G G G G .
396 A A A A .
397 A A A A .
398 G G G G .
399 T T T T .
400 T T T T .
401 G G G G .
402 C C C C .
403 T T T T .
404 A A A A .
405 C C C C .
406 A A A A .
407 T T T T .
408 T T T T .
409 C C C C .
410 T T T T .
411 A A A A .
412 T T T T .
413 T T T T .
414 C C C C .
415 A A A A .
416 A A A A .
417 T T T T .
418 G G G G .
419 T T T T .
420 T T T T .
421 C C C C .
422 A A A A .
423 A A A A A
424 T T T T T
425 C C C C C
426 G G G G G
427 G G G G G
428 A A A A A
429 C C C C C
430 A A A A A
431 A A A A A
432 A A A A A
433 G G G G G
434 G G G G G
435 T T T T T
436 T T T T T
437 G G G G G
438 G G G G G
439 T T T T T
440 A A A A A
441 A A A A A
442 G G G G G
443 T T T T T
444 A A A A A
445 T T T T T
446 C C C C C
447 A A A A A
448 C C C C C
449 C C C C C
450 T T T T T
451 C C C C C
452 T T T T T
453 T T T T T
454 G G G G G
455 G G G G G
456 T T T T T
457 T T T T T
458 T T T T T
459 G G G G G
460 T T T T T
461 G G G G G
462 G G G G G
463 A A A A A
464 A A A A A
465 C C C C C
466 A A A A A
467 A A A A A
468 C C C C C
469 A A A A A
470 C C C C C
471 C C C C C
472 T T T T T
473 T T T T G
474 G G G G G
475 T T T T T
476 A A A A A
477 T T T T T
478 G G G G G
479 A A A A A
480 T T T T T
481 A A A A A
482 C C C C C
483 G G G G G
484 G T G G G
485 G G G G G
486 G G G G G
487 A A A A A
488 T T T T T
489 C C C C C
490 - - C - -
491 T T T T T
492 C C C C C
493 G G G G G
494 A A A A A
495 G G G G G
496 A A A A A
497 A A A A A
498 A A A A A
499 T T T T T
500 T T T T T
501 . G G G G
502 . A A A A
503 . A A A A
504 . G G G G
505 . A A A A
506 . G G G G
507 . G G G G
508 . C C C C
509 . T T T T
510 . T T T T
511 . T T T T
512 . G G G G
513 . C C C C
514 . T T T T
515 . A A A A
516 . A A A A
517 . A A A A
518 . G G G G
519 . C C C C
520 . A A A A
521 . C C C C
522 . T T T T
523 . T T T T
524 . G G G G
525 . G G G G
526 . G G G G
527 . G G G G
528 . G G G G
529 . T T T T
530 . A A A A
531 . A A A A
532 . A A A A
533 . G A A A
534 . C C C C
535 . G G G G
536 . C C C C
537 . A A A A
538 . A A A A
539 . T T T T
540 . G G G G
541 . A A A A
542 . A A A A
543 . G G G G
544 . T T T T
545 . G A A A
546 . A A A A
547 . C C C C
548 . A A A A
549 . A A A A
550 . A A A A
551 . G G G G
552 . G G G G
553 . A A A A
554 . T T T T
555 . G G G G
556 . G G G G
557 . A A A A
558 . A A A A
559 . T T T T
560 . G G G G
561 . T T T T
562 . T T T T
563 . T T T T
564 . T T T T
565 . C C C C
566 . A A A A
567 . G G G G
568 . T T T T
569 . T T T T
570 . G G G G
571 . G G G G
572 . T T T T
573 . G G G G
574 . A A A A
575 . A A A A
576 . A A A A
577 . T T T T
578 . G G G G
579 . G G G G
580 . A A A A
581 . G G G G
582 . T T T T
583 . G G G G
584 . T T T T
585 . A A A A
586 . T T T T
587 . G G G G
588 . G G G G
589 . G G G G
590 . T T T T
591 . T T T T
592 . G G G G
593 . T T T T
594 . T T T T
595 . G G G G
596 . T T T T
597 . G G G G
598 . T T T T
599 . C C C C
600 . A A A A
601 . A A A A
602 . T T T T
603 . G G G G
604 . C C C C
605 . A A A A
606 . C C C C
607 . C C C C
608 . T T T T
609 . A A A A
610 . T T T T
611 . G G G G
612 . A A A A
613 . T T T T
614 . C C C C
615 . A A A A
616 . C C C C
617 . C C C C
618 . G G G G
619 . T T T T
620 . A A A A
621 . G G G G
622 . C C C C
623 . T T T T
624 . G G G G
625 . A A A A
626 . C C C C
627 . T T T T
628 . A A A A
629 . C C C C
630 . A A A A
631 . G G G G
632 . C C C C
633 . A A A A
634 . C A A A
635 . T T T T
636 . G G G G
637 . G G G G
638 . C C C C
639 . T T T T
640 . C C C C
641 . G G G G
642 . G G G G
643 . A A A A
644 . A G G G
645 . G G G G
646 . G G G G
647 . A A A A
648 . T T T T
649 . A A A A
650 . C C C C
651 . A A A A
652 . C C C C
653 . A A A A
654 . T T T T
655 . A A A A
656 . C T T T
657 . A A A A
658 . A A A A
659 . T C C C
660 . T T T T
661 . A A A A
662 . C C C C
663 . T T T T
664 . A A A A
665 . T T T T
666 . G G G G
667 . T A A A
668 . . . G G
669 . . . G G
670 . . . A A
671 . . . T T
672 . . . G G
673 . . . T T
674 . . . T T
675 . . . A A
676 . . . C C
677 . . . G G
678 . . . C C
679 . . . C C
680 . . . G G
681 . . . A A
682 . . . A A
683 . . . A A
684 . . . C C
685 . . . G G
686 . . . A A
687 . . . G G
688 . . . T T
689 . . . T T
690 . . . G G
691 . . . T T
692 . . . T T
693 . . . G G
694 . . . A A
695 . . . G G
696 . . . A A
697 . . . T T
698 . . . C C
699 . . . G G
700 . . . T T
701 . . . T T
702 . . . G G
703 . . . A A
704 . . . G G
705 . . . A A
706 . . . T T
707 . . . G G
708 . . . T T
709 . . . T T
710 . . . G G
711 . . . A A
712 . . . G G
713 . . . A A
714 . . . A A
715 . . . G G
716 . . . A A
717 . . . G G
718 . . . G G
719 . . . T T
720 . . . G G
721 . . . A A
722 . . . A A
723 . . . A A
724 . . . A A
725 . . . A A
726 . . . C C
727 . . . C C
728 . . . T T
729 . . . C C
730 . . . C C
731 . . . G G
732 . . . G G
733 . . . T T
734 . . . C C
735 . . . G G
736 . . . G G
737 . . . A A
738 . . . A A
739 . . . C C
740 . . . G G
741 . . . C C
742 . . . A A
743 . . . A A
744 . . . A A
745 . . . A A
746 . . . T T
747 . . . C C
748 . . . C C
749 . . . C C
750 . . . A A
751 . . . A A
752 . . . C C
753 . . . C C
754 . . . G G
755 . . . T T
756 . . . A A
757 . . . C C
758 . . . A A
759 . . . A A
760 . . . G G
761 . . . G G
762 . . . A A
763 . . . G G
764 . . . C C
765 . . . G G
766 . . . G G
767 . . . A A
768 . . . C C
769 . . . C C
770 . . . A A
771 . . . G G
772 . . . A A
773 . . . A A
774 . . . G G
775 . . . G G
776 . . . A A
777 . . . G G
778 . . . G G
779 . . . A A
780 . . . A A
781 . . . A A
782 . . . C C
783 . . . C C
784 . . . T T
785 . . . T T
786 . . . A A
787 . . . C C
788 . . . C C
789 . . . T T
790 . . . T T
791 . . . A A
792 . . . C C
793 . . . T T
794 . . . T T
795 . . . G G
796 . . . G G
797 . . . G G
798 . . . G G
799 . . . A A
800 . . . A A
801 . . . T T
802 . . . G G
803 . . . C C
804 . . . A A
805 . . . A A
806 . . . G G
807 . . . C C
808 . . . C C
809 . . . A A
810 . . . C C
811 . . . C C
812 . . . T T
813 . . . C C
814 . . . C C
815 . . . A A
816 . . . T T
817 . . . G G
818 . . . C C
819 . . . A A
820 . . . G G
821 . . . G G
822 . . . G G
823 . . . A A
824 . . . T T
825 . . . C C
826 . . . T T
827 . . . A A
828 . . . G G
829 . . . A A
830 . . . T T
831 . . . G G
832 . . . C C
833 . . . C C
834 . . . T T
835 . . . G G
836 . . . C C
837 . . . T T
838 . . . G G
839 . . . A A
840 . . . A A
841 . . . T T
842 . . . T T
843 . . . C C
844 . . . A A
845 . . . G G
846 . . . T T
847 . . . T T
848 . . . G G
849 . . . C C
850 . . . A A
851 . . . G G
852 . . . C C
853 . . . T T
854 . . . T T
855 . . . T T
856 . . . A A
857 . . . T T
858 . . . C C
859 . . . A A
860 . . . T T
861 . . . G G
862 . . . A A
863 . . . A A
864 . . . C C
865 . . . T T
866 . . . T T
867 . . . T T
868 . . . T T
869 . . . T T
870 . . . T T
871 . . . G G
872 . . . A A
873 . . . A A
874 . . . G G
875 . . . C C
876 . . . A A
877 . . . T T
878 . . . C C
879 . . . A A
880 . . . A A
881 . . . A A
882 . . . G G
883 . . . T T
884 . . . C C
885 . . . T T
886 . . . G G
887 . . . A A
888 . . . T T
889 . . . A A
890 . . . A A
891 . . . C C
892 . . . T T
893 . . . T T
894 . . . G G
895 . . . G G
896 . . . C C
897 . . . C C
898 . . . T T
899 . . . T T
900 . . . G G
901 . . . A A
902 . . . G G
903 . . . A A
904 . . . T T
905 . . . C C
906 . . . G G
907 . . . A A
908 . . . A A
909 . . . G G
910 . . . T T
911 . . . C C
912 . . . T T
913 . . . T T
914 . . . T T
915 . . . G G
916 . . . C C
917 . . . C C
918 . . . A A
919 . . . T T
920 . . . G G
921 . . . A A
922 . . . G G
923 . . . C C
924 . . . A A
925 . . . A A
926 . . . T T
927 . . . A A
928 . . . A A
929 . . . T T
930 . . . T T
931 . . . A A
932 . . . T T
933 . . . A A
934 . . . C C
935 . . . T T
936 . . . C C
937 . . . C C
938 . . . A A
939 . . . A A
940 . . . T T
941 . . . A A
942 . . . A A
943 . . . A A
944 . . . C C
945 . . . T T
946 . . . A A
947 . . . C C
948 . . . T T
949 . . . T T
950 . . . C C
951 . . . A A
952 . . . A A
953 . . . C C
954 . . . T T
955 . . . G G
956 . . . G G
957 . . . C C
958 . . . T T
959 . . . T T
960 . . . A A
961 . . . A A
962 . . . A A
963 . . . A A
964 . . . T T
965 . . . G G
966 . . . A A
967 . . . A A
968 . . . T T
969 . . . A A
970 . . . T T
971 . . . T T
972 . . . G G
973 . . . T T
974 . . . T T
975 . . . T T
976 . . . C C
977 . . . A A
978 . . . C C
979 . . . T T
980 . . . G G
981 . . . T T
982 . . . . T
983 . . . . T
984 . . . . A
985 . . . . T
986 . . . . T
987 . . . . T
988 . . . . T
989 . . . . T
990 . . . . A
991 . . . . G
992 . . . . T
993 . . . . G
994 . . . . T
995 . . . . C
996 . . . . A
997 . . . . T
998 . . . . T
999 . . . . T
1000 . . . . T
1001 . . . . T
1002 . . . . T
1003 . . . . C
1004 . . . . A
1005 . . . . G
1006 . . . . G
1007 . . . . C
1008 . . . . C
1009 . . . . C
1010 . . . . A
1011 . . . . G
1012 . . . . T
1013 . . . . G
1014 . . . . G
1015 . . . . T
1016 . . . . C
1017 . . . . A
1018 . . . . T
1019 . . . . T
1020 . . . . C
1021 . . . . T
1022 . . . . T
1023 . . . . G
1024 . . . . T
1025 . . . . C
1026 . . . . A
1027 . . . . C
1028 . . . . A
1029 . . . . A
1030 . . . . T
1031 . . . . T
1032 . . . . G
1033 . . . . A
1034 . . . . A
1035 . . . . A
1036 . . . . T
1037 . . . . G
1038 . . . . G
1039 . . . . C
1040 . . . . C
1041 . . . . C
1042 . . . . T