Contig Alignment

Base A B C D
1 T . . .
2 C . . .
3 G . . .
4 C . . .
5 C . . .
6 T . . .
7 T . . .
8 C . . .
9 C . . .
10 T . . .
11 C . . .
12 C . . .
13 C . . .
14 G . . .
15 A . . .
16 G . . .
17 T . . .
18 T . . .
19 C . . .
20 C . . .
21 T . . .
22 C . . .
23 A . . .
24 C . . .
25 C . . .
26 A . . .
27 A . . .
28 T . . .
29 G . . .
30 G . . .
31 C . . .
32 G . . .
33 G . . .
34 C . . .
35 T . . .
36 T . . .
37 C . . .
38 T . . .
39 T . . .
40 T . . .
41 G . . .
42 A . . .
43 C . . .
44 C . . .
45 T . . .
46 C . . .
47 C . . .
48 A . . .
49 T . . .
50 C . . .
51 G . . .
52 C . . .
53 G . . .
54 A . . .
55 G . . .
56 C . . .
57 G . . .
58 T . . .
59 A . . .
60 C . . .
61 G . . .
62 C . . .
63 C . . .
64 C . . .
65 A . . .
66 A . . .
67 A . . .
68 A . . .
69 G . . .
70 T . . .
71 T . . .
72 G . . .
73 C . . .
74 G . . .
75 G . . .
76 G . . .
77 T . . .
78 G . . .
79 T . . .
80 T . . .
81 C . . .
82 C . . .
83 G . . .
84 A . . .
85 G . . .
86 C . . .
87 A . . .
88 A . . .
89 T . . .
90 G . . .
91 C . . .
92 T . . .
93 T . . .
94 C . . .
95 C . . .
96 C . . .
97 G . . .
98 G . . .
99 C . . .
100 C . . .
101 T . . .
102 C . . .
103 C . . .
104 T . . .
105 C . . .
106 T . . .
107 T . . .
108 C . . .
109 T . . .
110 G . . .
111 A . . .
112 G . . .
113 G . . .
114 C . . .
115 C . . .
116 T . . .
117 T . . .
118 C . . .
119 G . . .
120 A . . .
121 A . . .
122 C . . .
123 G . . .
124 C . . .
125 C . . .
126 T . . .
127 A . . .
128 C . . .
129 T . . .
130 C . . .
131 G . . .
132 G . . .
133 G . . .
134 C . . .
135 C . . .
136 T . . .
137 G . . .
138 A . . .
139 A . . .
140 A . . .
141 T . . .
142 C . . .
143 C . . .
144 T . . .
145 G . . .
146 G . . .
147 A . . .
148 C . . .
149 G . . .
150 C . . .
151 G . . .
152 G . . .
153 C C . .
154 C C . .
155 G G . .
156 G G . .
157 A A . .
158 A A . .
159 A A . .
160 T T . .
161 T T . .
162 T T . .
163 C C . .
164 G G . .
165 T T . .
166 C C . .
167 T T . .
168 T T . .
169 C C . .
170 C C . .
171 T T . .
172 C C . .
173 C C . .
174 G G . .
175 C C . .
176 T T . .
177 C C . .
178 T T . .
179 C C . .
180 C C . .
181 G G . .
182 A A . .
183 T T . .
184 T T . .
185 C C . .
186 G G . .
187 C C . .
188 G G . .
189 C C . .
190 C C . .
191 C C . .
192 G G . .
193 T T . .
194 T T . .
195 T T . .
196 C C . .
197 C C . .
198 C C . .
199 C C . .
200 A A . .
201 A A . .
202 G G . .
203 A A . .
204 A A . .
205 T T . .
206 A A . .
207 G G . .
208 T T . .
209 C C . .
210 C C . .
211 G G . .
212 A A . .
213 T T . .
214 G G . .
215 C C . .
216 A A . .
217 C C . .
218 C C . .
219 G G . .
220 T T . .
221 T T . .
222 T T . .
223 C C . .
224 G G . .
225 C C . .
226 C C . .
227 T T . .
228 C C . .
229 G G . .
230 C C . .
231 G G . .
232 C C . .
233 G G . .
234 G G . .
235 A A . .
236 G G . .
237 C C . .
238 T T . .
239 G G . .
240 A A . .
241 A A . .
242 G G . .
243 G G . .
244 T T . .
245 G G . .
246 G G . .
247 A A . .
248 T T . .
249 G G . .
250 A A . .
251 G G . .
252 C C . .
253 T T . .
254 G G . .
255 C C . .
256 A A . .
257 A A . .
258 T T . .
259 C C . .
260 T T . .
261 A A . .
262 A A . .
263 G G . .
264 G G . .
265 T T . .
266 T T . .
267 A A . .
268 C C . .
269 C C . .
270 A A . .
271 C C . .
272 T T . .
273 A A . .
274 A A . .
275 A A . .
276 G G . .
277 T T . .
278 G G . .
279 T T . .
280 A A . .
281 T T . .
282 T T . .
283 T T . .
284 T T . .
285 G G . .
286 A A . .
287 C C . .
288 A A . .
289 T T . .
290 A A . .
291 A A . .
292 G G . .
293 C C . .
294 A A . .
295 T T . .
296 T T . .
297 G G . .
298 G G . .
299 A A . .
300 A A . .
301 A A . .
302 C C . .
303 C C . .
304 C C . .
305 G G . .
306 G G . .
307 T T . .
308 T T . .
309 G G . .
310 G G . .
311 G G . .
312 A A . .
313 A A . .
314 G G . .
315 G G . .
316 A A . .
317 T T . .
318 G G . .
319 T T . .
320 G G . .
321 G G . .
322 G G . .
323 G G . .
324 A A . .
325 G G . .
326 G G . .
327 A A . .
328 T T . .
329 T T . .
330 G G . .
331 A A . .
332 A A . .
333 A A . .
334 T T . .
335 T T . .
336 G G . .
337 G G . .
338 G G . .
339 C C . .
340 T T . .
341 G G . .
342 T T . .
343 T T . .
344 C C . .
345 G G . .
346 G G . .
347 T T . .
348 G G . .
349 A A . .
350 T T . .
351 G G . .
352 A A . .
353 T T . .
354 G G . .
355 T T . .
356 T T . .
357 C C . .
358 C C . .
359 G G . .
360 C C . .
361 A A . .
362 G G . .
363 A A . .
364 C C . .
365 G G . .
366 G G . .
367 T T . .
368 C C . .
369 G G . .
370 A A . .
371 A A . .
372 A A . .
373 A A . .
374 C C . .
375 T T . .
376 T T . .
377 T T . .
378 C C . .
379 G G . .
380 T T . .
381 G G . .
382 C C . .
383 T T . .
384 C C . .
385 T T . .
386 T T . .
387 T T . .
388 G G . .
389 C C . .
390 A A . .
391 C C . .
392 A A . .
393 G G . .
394 G G . .
395 T T . .
396 G G . .
397 A A . .
398 G G . .
399 A A . .
400 A A . .
401 A A . .
402 G G . .
403 G G . .
404 T T . .
405 T T . .
406 T T . .
407 C C . .
408 G G . .
409 G G . .
410 G G . .
411 T T . .
412 A A . .
413 C C . .
414 A A . .
415 A A . .
416 G G . .
417 G G . .
418 G G . .
419 A A . .
420 T T . .
421 C C . .
422 T T . .
423 T T . .
424 C C . .
425 A A . .
426 T T . .
427 T T . .
428 T T . .
429 C C . .
430 A A . .
431 T T . .
432 C C . .
433 G G . .
434 T T . .
435 G G . .
436 T T . .
437 A A . .
438 A A . .
439 T T . .
440 C C . .
441 A A . .
442 A A . .
443 G G . .
444 G G . .
445 A A . .
446 T T . .
447 T T . .
448 T T . .
449 C C . .
450 A A . .
451 T T . .
452 G G . .
453 A A . .
454 T T . .
455 T T . .
456 C C . .
457 A A . .
458 A A . .
459 G G . .
460 G G . .
461 A A . .
462 G G . .
463 G G . .
464 A A . .
465 G G . .
466 A A . .
467 C C . .
468 T T . .
469 T T . .
470 T T . .
471 G G . .
472 A A . .
473 C C . .
474 C C . .
475 A A . .
476 G G . .
477 G G . .
478 G G . .
479 A A . .
480 A A . .
481 A A . .
482 T T . .
483 G G . .
484 G G . .
485 A A . .
486 A A . .
487 C C . .
488 T T . .
489 G G . .
490 G G . .
491 T T . .
492 G G . .
493 G G . .
494 T T . .
495 A A . .
496 A A . .
497 G G . .
498 A A . .
499 G G . .
500 C C . .
501 A A . .
502 T T . .
503 T T . .
504 T T . .
505 A A . .
506 T T . .
507 G G . .
508 G G . .
509 T T . .
510 C C . .
511 G G . .
512 C C . .
513 A A . .
514 C C . .
515 A A . .
516 T T . .
517 T T . .
518 T T . .
519 A A . .
520 A A . .
521 A A . .
522 G G . .
523 A A . .
524 T T . .
525 G G . .
526 A A . .
527 G G . .
528 A A . .
529 A A . .
530 C C . .
531 T T . .
532 T T . .
533 C C . .
534 A A . .
535 A A . .
536 G G . .
537 T T . .
538 T T . .
539 G G . .
540 G G . .
541 T T . .
542 T T . .
543 C C . .
544 A A . .
545 T T . .
546 G G . .
547 T T . .
548 G G . .
549 G G . .
550 G G . .
551 A A . .
552 C C . .
553 C C . .
554 C C . .
555 G G . .
556 G G . .
557 A A . .
558 G G . .
559 T T . .
560 G G . .
561 C C . .
562 T T . .
563 T T . .
564 A A . .
565 G G . .
566 T T . .
567 A A . .
568 T T . .
569 G G . .
570 G G . .
571 C C . .
572 A A . .
573 A A . .
574 A A . .
575 T T . .
576 G G . .
577 C C . .
578 A A . .
579 G G . .
580 G G . .
581 A A . .
582 C C . .
583 C C . .
584 T T . .
585 A A . .
586 A A . .
587 C C . .
588 A A . .
589 C C . .
590 T T . .
591 A A . .
592 A A . .
593 T T . .
594 G G . .
595 G G . .
596 A A . .
597 A A . .
598 G G . .
599 T T . .
600 C C . .
601 A A . .
602 G G . .
603 T T . .
604 T T . .
605 C C . .
606 T T . .
607 T T . .
608 C C . .
609 A A . .
610 T T . .
611 C C . .
612 T T . .
613 G G . .
614 C C . .
615 A A . .
616 C C . .
617 T T . .
618 G G . .
619 T T . .
620 G G . .
621 A A . .
622 A A . .
623 G G . .
624 A A . .
625 C C . .
626 G G . .
627 C C . .
628 C C . .
629 A A . .
630 T T . .
631 G G . .
632 G G . .
633 T T . .
634 T T T .
635 G G G .
636 G G G .
637 A A A .
638 C C C .
639 C C C .
640 A A A .
641 G G G .
642 A A A .
643 G G G .
644 G G G .
645 C C C C
646 A A A A
647 T T T T
648 G G G G
649 T T T T
650 T T T T
651 G G G G
652 T T T T
653 T T T T
654 T T T T
655 T T T T
656 T T T T
657 G G G G
658 G G G G
659 C C C C
660 C C C C
661 A A A - 1 indel
662 T T T T
663 G G G G
664 T T T T
665 T T T T
666 C C C C
667 T T T T
668 C C T T 2 transition
669 A A G G 2 transition
670 A A A A
671 G G G G
672 G G G G
673 G G G G
674 C C T T 2 transition
675 A A A A
676 T T T T
677 G G G G
678 G G G G
679 A A A A
680 C C C C
681 G G G G
682 T T T T
683 G G G G
684 G G G C 1 transversion
685 T T T C 1 transition
686 G G G G
687 A A A T 1 transversion
688 A A A A
689 G G G T 1 transversion
690 T T T T
691 T T T T
692 G G G G
693 A A A A
694 T T T T
695 C C C C
696 G G G G
697 A A A A
698 G G G G
699 T T T T
700 C C C C
701 T T T T
702 C C C C
703 A A A A
704 A A A A
705 G G G G
706 C C A A 2 transversion
707 G G G G
708 A A A A
709 C C C C
710 C C A A 2 transversion
711 G G G G
712 A A A A
713 T T T T
714 C C C C
715 G G G G
716 T T C C 2 transition
717 G G G G
718 G G G G
719 A A A A
720 G G G G
721 A A A A
722 T T C C 2 transition
723 C C C C
724 G G G G
725 G G G G
726 C C G G 2 transversion
727 C C C C
728 A A A A
729 A A A T 1 transversion
730 A A A A
731 G G G G
732 A A A A
733 T T A A 2 transversion
734 G G G G
735 A A A A
736 G G G G
737 G G G G
738 G G G G
739 T T T T
740 T T T T
741 G G G G
742 T T T T
743 G G G G
744 A A A A
745 T T T T
746 C C C C
747 A A A A
748 G G G G
749 C C T T 2 transition
750 G G G G
751 A A A A
752 C C C C
753 T T T T
754 G G G G
755 T T T T
756 G G G G
757 G G G G
758 T T C C 2 transition
759 G G G G
760 A A A A
761 G G G G
762 C C C C
763 T T T T
764 . T T T
765 . C C C
766 . C C C
767 . A A A
768 . G G G
769 . T T T
770 . G G G
771 . G G G
772 . T T T
773 . C C C
774 . T T T
775 . A A A
776 . A A A
777 . A A A
778 . G A A 1 transition
779 . G G G
780 . A A A
781 . G G G
782 . G G G
783 . G A A 1 transition
784 . C C C
785 . A A A
786 . T T T
787 . T T T
788 . T T T
789 . T T T
790 . T T T
791 . T T T
792 . T T T
793 . T T T
794 . T A A 1 transversion
795 . C C C
796 . - C C 1 indel
797 . T T T
798 . G G G
799 . A A A
800 . C A A 1 transversion
801 . T T T
802 . A A A
803 . A A A
804 . G G G
805 . A A A
806 . G G G
807 . G G G
808 . A A A
809 . T T T
810 . C C C
811 . A A A
812 . T T T
813 . C C C
814 . T T T
815 . A G G 1 transition
816 . G G G
817 . - C C 1 indel
818 . - A A 1 indel
819 . - C C 1 indel
820 . - T T 1 indel
821 . - C C 1 indel
822 . - G G 1 indel
823 . - A A 1 indel
824 . A A A
825 . C C C
826 . T T T
827 . T T T
828 . C A A 1 transversion
829 . C C C
830 . A A A
831 . A A A
832 . T T T
833 . T T T
834 . T T T
835 . T T T
836 . C C C
837 . T T T
838 . A A A
839 . C C C
840 . T T T
841 . T T T
842 . T T T
843 . T T T
844 . C C C
845 . A A A
846 . C T T 1 transition
847 . T T T
848 . G G G
849 . T T T
850 . G G G
851 . G G G
852 . C C C
853 . C T T 1 transition
854 . T T T
855 . G G G
856 . A A A
857 . T T T
858 . C C C
859 . G G G
860 . A A A
861 . T T T
862 . T A A 1 transversion
863 . G G G
864 . T T T
865 . G G G
866 . A A A
867 . C C C
868 . A A A
869 . A A A
870 . G G G
871 . G G G
872 . T T T
873 . C C C
874 . G G G
875 . A A A
876 . C C C
877 . G A A 1 transition
878 . A A A
879 . T T T
880 . A A A
881 . T T T
882 . T T T
883 . T T T
884 . G G G
885 . A A A
886 . A A A
887 . G G G
888 . A A A
889 . A A A
890 . T T T
891 . G G G
892 . C C C
893 . A A A
894 . T T T
895 . T T T
896 . G G G
897 . A A A
898 . T T T
899 . T T T
900 . G G G
901 . C C C
902 . T T T
903 . T T T
904 . G G G
905 . C C C
906 . T T T
907 . G A A 1 transition
908 . C C C
909 . T T T
910 . T T T
911 . G C C 1 transversion
912 . T T T
913 . T T T
914 . T T T
915 . T T T
916 . C C C
917 . C C C
918 . A A A
919 . G G G
920 . A G G 1 transition
921 . T T T
922 . T T T
923 . T T T
924 . T T T
925 . A A A
926 . G G G
927 . T T T
928 . T T T
929 . C C C
930 . G A A 1 transition
931 . A A A
932 . T T T
933 . C C C
934 . T T T
935 . G G G
936 . T T T
937 . A A A
938 . C C C
939 . G G G
940 . A A A
941 . G G G
942 . C C C
943 . T T T
944 . A A A
945 . C C C
946 . A A A
947 . T T T
948 . C C C
949 . C A A 1 transversion
950 . . A A
951 . . T T
952 . . A A
953 . . A A
954 . . T T
955 . . C C
956 . . A A
957 . . G G
958 . . A A
959 . . A A
960 . . A A
961 . . A A
962 . . A A
963 . . C C
964 . . G G
965 . . G G
966 . . T T
967 . . T T
968 . . T T
969 . . C C
970 . . A A
971 . . T T
972 . . T T
973 . . T T
974 . . A A
975 . . A A
976 . . C C
977 . . T T
978 . . G G
979 . . G G
980 . . T T
981 . . T T
982 . . T T
983 . . T T
984 . . A A
985 . . A A
986 . . A A
987 . . A A
988 . . T T
989 . . A A
990 . . A A
991 . . T T
992 . . A A
993 . . C C
994 . . T T
995 . . C C
996 . . G G
997 . . C C
998 . . T T
999 . . T T
1000 . . G G
1001 . . C C
1002 . . . C
1003 . . . C
1004 . . . T
1005 . . . C
1006 . . . G
1007 . . . T
1008 . . . G
1009 . . . C