Contig Alignment

Base A B C D E
1 . . . A .
2 . . . T .
3 . . . A .
4 . . . T .
5 . . . T .
6 . . . A .
7 . . . A .
8 . . . A .
9 . . . A .
10 . . . A .
11 . . . A .
12 . . . A .
13 . . . C .
14 . . . A .
15 . . . T .
16 . . . T .
17 . . . A .
18 . . . T .
19 . . . T .
20 . . . T .
21 . . . T .
22 . . . G .
23 . . . A .
24 . . . C .
25 . . . A .
26 . . . C .
27 . . . A .
28 . . . A .
29 . . . A .
30 . . . A .
31 . . . C .
32 . . . G .
33 . . . T .
34 . . . T .
35 . . . T .
36 . . . T .
37 . . . A .
38 . . . T .
39 . . . T .
40 . . . T .
41 . . . A .
42 . . . G .
43 . . . C .
44 . . . T .
45 . . . A .
46 . . . A .
47 . . . T .
48 . . . G .
49 . . . A .
50 . . . T .
51 . . . G .
52 . . . T .
53 . . . A .
54 . . . A .
55 . . . G .
56 . . . A .
57 . . . G .
58 . . . A .
59 . . . A .
60 . . . A .
61 . . . C .
62 . . . T .
63 . . . C .
64 . . . A .
65 . . . C .
66 . . . A .
67 . . . A .
68 . . . G .
69 . . . C .
70 . . . A .
71 . . . T .
72 . . . A .
73 . . . A .
74 T . . T .
75 T . . T .
76 A . . A .
77 G . . G .
78 C . . C .
79 A . . A .
80 A A . A .
81 T T . T .
82 A A . A .
83 T T . T .
84 A A . A .
85 A A . A .
86 A A . A .
87 A A . A .
88 A A . A .
89 T T . T .
90 C C . C .
91 T T . T .
92 A A . A .
93 G G . G .
94 A A . A .
95 G G . G .
96 A A . A .
97 T T . T .
98 A A . A .
99 T T . T .
100 C C . C .
101 T T . T .
102 T T . T .
103 G G . G .
104 A A . A .
105 C C . C .
106 A A . A .
107 A A . A .
108 C C . C .
109 G G . G .
110 T T . T .
111 C C . C .
112 A A . A .
113 T T . T .
114 T T . T .
115 T T . T .
116 T T . T .
117 G G . G .
118 T T . T .
119 A A . A .
120 G C . G .
121 - - . G .
122 A A . A .
123 A A . A .
124 A A . A .
125 A A . A .
126 A A . A .
127 A A . A .
128 A A . A .
129 A A . A .
130 T T . T .
131 G G . G .
132 A A . A .
133 G G . G .
134 A A . A .
135 G G . G .
136 G G . G .
137 C C . C .
138 A A . A .
139 G G . G .
140 A A . A .
141 G G . G .
142 - - . T .
143 C C . C .
144 A A . A .
145 T T . T .
146 G G . G .
147 G G . G .
148 G G . G .
149 A A . A .
150 G G . G .
151 C C . C .
152 A A . A .
153 T T . T .
154 G G . G .
155 C C . C .
156 A A . A .
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162 C C . C .
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165 C C . C .
166 C C . C .
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176 G G . G .
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179 A A . A .
180 A A . A .
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210 G G . G .
211 G G . G .
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213 T T . T .
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215 T T . T .
216 G G . G .
217 G G . G .
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223 A A . A .
224 A A . A .
225 A A . A .
226 A A . A .
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229 C C . C .
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242 G G . G .
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247 G G . G .
248 A A . A .
249 A A . A .
250 A A . A .
251 A A . A .
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253 T T . T .
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255 T T . T .
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258 C C . C .
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285 A A A A A
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318 A A A A A
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430 G G G G G
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443 G G G G G
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447 G G G G G
448 T T T T T
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451 G G G G G
452 C C C C C
453 A A A A A
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457 G G G G G
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460 C C C C C
461 C C C C C
462 C C C C C
463 T T T T T
464 T T T T T
465 T G G G G
466 . A A A A
467 . A A A A
468 . C C C C
469 . C A A A
470 . . G G G
471 . . G G G
472 . . G G G
473 . . A A A
474 . . C C C
475 . . C C C
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477 . . G G G
478 . . G G G
479 . . C C C
480 . . G G G
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482 . . C C C
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484 . . T T T
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486 . . G G G
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488 . . T T T
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498 . . T T T
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500 . . G G G
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506 . . A A A
507 . . A A A
508 . . G G G
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510 . . A A A
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514 . . A A A
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566 . . T T T
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573 . . G G G
574 . . T T T
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579 . . A A A
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581 . . G G G
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592 . . A A A
593 . . G G G
594 . . A A A
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598 . . G G G
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676 . . T T T
677 . . T T T
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687 . . G G G
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690 . . C C C
691 . . A A A
692 . . T T T
693 . . T T T
694 . . C C C
695 . . C C C
696 . . A A A
697 . . A A A
698 . . A A A
699 . . G G G
700 . . T T T
701 . . A A A
702 . . G G G
703 . . A A A
704 . . G G G
705 . . A A A
706 . . C C C
707 . . C C C
708 . . A A A
709 . . C C C
710 . . G G G
711 . . C G C
712 . . . T C
713 . . . A T
714 . . . C C
715 . . . A T
716 . . . C T
717 . . . T G
718 . . . A C
719 . . . T C
720 . . . A G
721 . . . A A
722 . . . T A
723 . . . C T
724 . . . C T
725 . . . C C
726 . . . G G
727 . . . A G
728 . . . C C
729 . . . G A
730 . . . C C
731 . . . A G
732 . . . N A
733 . . . . G