Contig Alignment

Base A B C D E F G H
1 . . C . . . . .
2 . . A . . . . .
3 . . C . . . . .
4 . . G . . . . .
5 . . C . . . . .
6 . . A . . . . .
7 . . C . . . . .
8 . . G . . . . .
9 . . T . . . . .
10 . . T . . . . .
11 . . T . . . . .
12 . . A . . . . .
13 . . A . . . . .
14 . . T . . . . .
15 . . T . . . . .
16 . . C . . . . .
17 . . T . . . . .
18 . . A . . . . .
19 . . A . . . . .
20 . . T . . . . .
21 . . T . . . . .
22 . . C . . . . .
23 . . T . . . . .
24 . . A . . . . .
25 . . A . . . . .
26 . . T . . . . .
27 . . T . . . . .
28 . . A . . . . .
29 . . A . . . . .
30 . . C . . . . .
31 . . A . . . . .
32 . . A . . . . .
33 . . A . . . . .
34 . . T . . . . .
35 . . A . . . . .
36 . . A . . . . .
37 . . T . . . . .
38 . . C . . . . .
39 . . T . . . . .
40 . . A . . . . .
41 . . A . . . . .
42 . . T . . . . .
43 . . T . . . . .
44 . . T . . . . .
45 . . T . . . . .
46 . . A . . . . .
47 . . C . . . . .
48 . . A . . . . .
49 . . G . . . . .
50 . . A . . . . .
51 . . T . . . . .
52 . . A . . . . .
53 . . C . . . . .
54 . . A . . . . .
55 . . A . . . . .
56 . . A . . . . .
57 . . G . . . . .
58 . . A . . . . .
59 . . A A . . . .
60 . . A A . . . .
61 . . A A . . . .
62 . . T T . . . .
63 . . T T . . . .
64 . . A A . . . .
65 . . A A . . . .
66 . . G G . . . .
67 . . A A . . . .
68 . . A A . . . .
69 . . C C . . . .
70 . . A A . . . .
71 . . G G . . . .
72 . . A A . . . .
73 . . G G . . . .
74 . . T T . . . .
75 . . A A . . . .
76 . . G G . . . .
77 . . C C . . . .
78 . . T T . . . .
79 . . A A . . . .
80 . . C C . . . .
81 . . C C . . . .
82 . . G G . . . .
83 . . C C . . . .
84 . . A A . . . .
85 . . A A . . . .
86 . . G G . . . .
87 . . A A . . . .
88 . . G G . . . .
89 . . C C . . . .
90 . . A A . . . .
91 . . A A . . . .
92 . . C C . . . .
93 . . G A . . . .
94 . . A A . A A .
95 . . G G . G G .
96 . . G G . G G .
97 . . T T . T T .
98 . . C C . C C .
99 . . A A . A A .
100 . . C C . C C .
101 . . C C . C C .
102 . . C C . C C .
103 . . G G . G G .
104 . . A A . A A .
105 . . A A . A A .
106 . . A A . A A .
107 . . A A . A A .
108 . . T T . C C .
109 . . C C . C C .
110 . . T T . T T .
111 . . T T . T T .
112 . . A A . G G .
113 . . A A . A A .
114 . . C C . C C .
115 . . C C . C C .
116 . . T T . T T .
117 . . T T . T T .
118 . . G G . G G .
119 . . A A . A A .
120 . . C C . C C .
121 . . A A . T T .
122 . . C C . C C .
123 . . G G . G G .
124 . . G G . G G .
125 . . C C . C C .
126 . . A A . A A .
127 . . C C . A A .
128 . . C C . C C .
129 . . G G . G G .
130 . . C C . C C .
131 . . C C . C C .
132 . . G G . G G .
133 . . A A . A A .
134 . . T T . T T .
135 . . C C . C C .
136 . . G G . G G .
137 . . A A . A A .
138 . . T T . G G .
139 . . G G . G G .
140 . . A A . A A .
141 . . C C . C C .
142 . . G G . G G .
143 A A A A A A A .
144 C C C C C C C .
145 G G G G G G G .
146 G G G G G G G .
147 C C C C C C C .
148 G G G G G G G .
149 T T T T T T T .
150 T T T T T T T .
151 C C C C C C C .
152 T T T T T T T .
153 C C C C C C C .
154 C C C C C C C .
155 C C C C C C C .
156 T T T T T T T .
157 C C C C C C C .
158 A A A A A A A .
159 A A A A A A A .
160 G G G G G G G .
161 C C C C C C C .
162 C C C C C C C .
163 G G G G G G G .
164 T T T T T T T .
165 C C C C C C C .
166 C C C C C C C .
167 A A A A A A A .
168 A A A A C C C . 3 transversion
169 C C C C C C C .
170 G G G G G G G .
171 T T T T T T T .
172 C C C C C C C .
173 A A A A A A A .
174 C C C C C C C .
175 C C C C C C C .
176 T T T T T T T .
177 C C C C C C C .
178 G G G G G G G .
179 C C C C C C C .
180 A A A A A A A .
181 C C C C C C C .
182 C C C C C C C .
183 T T T T T T T .
184 C C C C C C C .
185 A A A A A A A .
186 C C C C C C C .
187 C C C C C C C .
188 C C C C C C C .
189 T T T T T T T .
190 C C C C C C C .
191 A A A A A A A .
192 C C C C C C C .
193 T T T T T T T .
194 T T T T T T T .
195 T T T T T T T .
196 G G G G G G G .
197 A A A A A A A .
198 T T T T T T T .
199 C C T C C C C .
200 G G G G G G G .
201 T T T T T T T .
202 C C C C C C C .
203 C C C C C C C .
204 A A A A A A A .
205 G G G G G G G .
206 C C C C C C C .
207 T T T T T T T .
208 C C C C C C C .
209 C C C C C C C .
210 T T T T T T T .
211 G G G G G G G .
212 A A A A A A A .
213 T T T T T T T .
214 G G G G G G G .
215 G G G G G G G .
216 C C C C C C C .
217 G G G G G G G .
218 C C C C C C C .
219 C C C C C C C .
220 G G G G G G G .
221 A A A A A A A .
222 A A A A A A A .
223 C C C C C C C .
224 T T T T T T T .
225 T T T T T T T .
226 G G G G G G G .
227 A A A A A A A .
228 T T T T T T T .
229 C C C C C C C .
230 C C C C C C C .
231 T T T T T T T .
232 C C C C A A A . 3 transversion
233 A A A A A A A .
234 C C C C T T T . 3 transition
235 A A A A A A A .
236 G G G G G G G .
237 G G G G G G G .
238 C C C C C C C .
239 A A A A A A A .
240 C C C C C C C .
241 C C C C C C C .
242 G G G G G G G .
243 A A C A C C C . 3 transversion
244 C C C C C C C .
245 A A A A A A A .
246 C C C C C C C .
247 A A A A G G G . 3 transition
248 T T T T T T T .
249 T T T T T T T .
250 C C C C C C C .
251 A A A A A A A .
252 C C C C C C C .
253 C C C C C C C .
254 T T T T T T T .
255 C C C C C C C .
256 C C C C C C C .
257 A A A A A A A .
258 G G G G G G G .
259 C C C C C C C .
260 G G G G G G G .
261 G G G G G G G .
262 C C C C C C C .
263 A A A A A A A .
264 C C C C C C C .
265 C C C C C C C .
266 T T T T T T T .
267 T T T T T T T .
268 C C C C C C C .
269 C C C C C C C .
270 C C C C C C C .
271 C C C C C C C .
272 T T T T T T T T
273 G G G G G G G G
274 C C C C C C C C
275 C C C C A A A A 4 transversion
276 T T T T T T T T
277 C C C C C C C C
278 T T T T T T T T
279 G G G G G G G G
280 C C C C C C C T
281 G G G G G G G G
282 C C C C C C C C
283 C C C C C C C C
284 . G G G G G G G
285 . C C C C C C C
286 . C C C C C C C
287 . A A A A A A A
288 . C C C C C C C
289 . C C C C C C C
290 . A A A A A A A
291 . G G G G G G G
292 . A A A A A A A
293 . G G G G G G G
294 . C C C C C C C
295 . A A A A A A A
296 . C C C C C C G
297 . T T T T T T T
298 . T T T T T T T
299 . T T T T T T T
300 . G G G G G G G
301 . C C C C C C C
302 . A A A A A A T
303 . T T T C C C C 3 transition
304 . C C C C C C C
305 . G G G G G G G
306 . C C C C C C C
307 . C C C C C C C
308 . G G G G G G G
309 . C C C C C C C
310 . C C C C C C C
311 . G G G G G G G
312 . T T T T T T T
313 . T C T C C C C
314 . A A A A A A A
315 . G G G G G G G
316 . C C C C C C C
317 . C C C C C C G
318 . G G G G G G G
319 . G G G G G G G
320 . A A A A A A A
321 . T T T T T T T
322 . C C C C C C C
323 . C C C C C C C
324 . C C C C C C C
325 . C C C C C C C
326 . . G G G G G G
327 . . A A A A A A
328 . . C C C C C C
329 . . C C C C C C
330 . . C C C C C C
331 . . C C C C C C
332 . . C C C C C C
333 . . T T T T T T
334 . . C C C C C C
335 . . A A A A A A
336 . . G G G G G G
337 . . C C C C C C
338 . . T T T T T T
339 . . C C C C C C
340 . . C C C C C C
341 . . G G G G G G
342 . . T T T T T T
343 . . C C C C C C
344 . . A G A A A A
345 . . C C C C C C
346 . . A A A A A A
347 . . A A A A A A
348 . . A A A A A A
349 . . C C C C C C
350 . . C C C C C C
351 . . T T T T T T
352 . . C C C C C C
353 . . G G G G G G
354 . . T T T T T T
355 . . C C C C C C
356 . . T T T T T T
357 . . C C C C C C
358 . . G G G G G G
359 . . T T T T T T
360 . . T T T T T T
361 . . A A C C C C
362 . . C C C C C C
363 . . G G G G G G
364 . . C C C C C C
365 . . G G G G G G
366 . . G G G G G G
367 . . C C C C C C
368 . . G G G G G G
369 . . G G G G G G
370 . . G G G G G G
371 . . T T T T T T
372 . . G G G G G G
373 . . G G G G G G
374 . . T T T T T T
375 . . A A A A A A
376 . . G G G G G G
377 . . A A A A A A
378 . . A A A A A A
379 . . C C C C C C
380 . . G G G G G G
381 . . T T T T T T
382 . . C C C C C C
383 . . . G G G G G
384 . . . G G G G G
385 . . . C C C C C
386 . . . C C C C C
387 . . . A A A A T
388 . . . A C C C C
389 . . . C C C C C
390 . . . T G G G G
391 . . . C C C C C
392 . . . C C C C C
393 . . . C C C C C
394 . . . C C C C C
395 . . . T T T T T
396 . . . C C C C C
397 . . . G G G G G
398 . . . C C C C C
399 . . . A A A A A
400 . . . C C C C C
401 . . . A A A A A
402 . . . G G G G G
403 . . . C C C C C
404 . . . G G G G G
405 . . . T T T T T
406 . . . C C C C C
407 . . . A A A A A
408 . . . A C C C C
409 . . . G G G G G
410 . . . C C C C C
411 . . . C C C C C
412 . . . G G G G G
413 . . . T T T T T
414 . . . C C C C C
415 . . . G G G G G
416 . . . T T T T T
417 . . . A A A A A
418 . . . C C C C C
419 . . . A A A A A
420 . . . C C C C C
421 . . . C C C C C
422 . . . G G G G G
423 . . . C C C C C
424 . . . G G G G G
425 . . . G G G G G
426 . . . T T T T T
427 . . . T T T T T
428 . . . A A A A A
429 . . . T T T T T
430 . . . C G G G G
431 . . . T T T T T
432 . . . C C C C C
433 . . . G G G G G
434 . . . C C C C C
435 . . . T T T T T
436 . . . G G G G G
437 . . . C C C C C
438 . . . C C C C C
439 . . . G G G G G
440 . . . T T T T T
441 . . . C C C C C
442 . . . G G G G G
443 . . . C C C C C
444 . . . G G G G G
445 . . . G G G G G
446 . . . T T T T T
447 . . . A A A A A
448 . . . G G G G G
449 . . . T T T T T
450 . . . A A A A A
451 . . . C C C C C
452 . . . A A A A A
453 . . . C C C C C
454 . . . G G G G G
455 . . . C C C C C
456 . . . C C C C C
457 . . . G G G G G
458 . . . A A A A A
459 . . . C C C C C
460 . . . C C C C C
461 . . . C C C C C
462 . . . T T T T T
463 . . . C C C C C
464 . . . T T T T T
465 . . . T T T T T
466 . . . G G G G G
467 . . . T T T T T
468 . . . T T T T T
469 . . . G G G G G
470 . . . C C C C T
471 . . . G G G G G
472 . . . C C C C C
473 . . . C C C C C
474 . . . G G G G G
475 . . . G G G G G
476 . . . T T T T T
477 . . . T T T T T
478 . . . G G G G G
479 . . . T T T T T
480 . . . C C C C C
481 . . . G G G G G
482 . . . G G G G G
483 . . . C C C C C
484 . . . C G G G G
485 . . . A A A A A
486 . . . C C C C C
487 . . . G G G G G
488 . . . A A A A A
489 . . . C C C C C
490 . . . G G G G G
491 . . . G G G G G
492 . . . T T T T T
493 . . . G G G G G
494 . . . A A A A A
495 . . . C C C C C
496 . . . G G G G G
497 . . . G G G G G
498 . . . C C C C C
499 . . . G G G G G
500 . . . A A A A A
501 . . . A A A A A
502 . . . G G G G G
503 . . . A A A A A
504 . . . C C C C C
505 . . . A G G G G
506 . . . G G G G G
507 . . . G G G G G
508 . . . G G G G G
509 . . . T T T T T
510 . . . C T T T T
511 . . . G G G G G
512 . . . A A A A A
513 . . . C C C C C
514 . . . G G G G G
515 . . . G G G G G
516 . . . T T T T T
517 . . . G G G G G
518 . . . A A A A A
519 . . . A A A A A
520 . . . G G G G G
521 . . . G G G G G
522 . . . C C C C C
523 . . . G G G G G
524 . . . G G G G G
525 . . . A T T T T
526 . . . G G G G G
527 . . . A A A A A
528 . . . G G G G G
529 . . . G G G G G
530 . . . T T T T T
531 . . . C C C C C
532 . . . G G G G G
533 . . . A A A A A
534 . . . A A A A A
535 . . . G G G G G
536 . . . G G G G G
537 . . . A A A A A
538 . . . G G G G G
539 . . . G G G G G
540 . . . A A A A A
541 . . . G G G G G
542 . . . A A A A A
543 . . . C T T T T
544 . . . G G G G G
545 . . . G G G G G
546 . . . A A A A A
547 . . . G G G G G
548 . . . A A A A A
549 . . . C C C C C
550 . . . G G G G G
551 . . . C C C C C
552 . . . C C C C C
553 . . . G G G G G
554 . . . T T T T T
555 . . . C C C C C
556 . . . G G G G C
557 . . . A A A A A
558 . . . T T T T T
559 . . . A A A A A
560 . . . G G G G G
561 . . . T T T T T
562 . . . G G G G G
563 . . . T T T T T
564 . . . A A A A A
565 . . . A G G G G
566 . . . C C C C C
567 . . . G G G G G
568 . . . G G G G G
569 . . . G G G G G
570 . . . . G G G G
571 . . . . G G G G
572 . . . . A A A A
573 . . . . T T T T
574 . . . . G G G G
575 . . . . C C C C
576 . . . . G G G G
577 . . . . G G G G
578 . . . . G G G G
579 . . . . G G G G
580 . . . . G G G G
581 . . . . C C C C
582 . . . . G G G G
583 . . . . G G G G
584 . . . . A A A A
585 . . . . A A A A
586 . . . . G G G G
587 . . . . G G G G
588 . . . . C C C C
589 . . . . G G G G
590 . . . . A A A A
591 . . . . G G G G
592 . . . . G G G G
593 . . . . A A A A
594 . . . . A A A A
595 . . . . G G G G
596 . . . . A A A A
597 . . . . G G G G
598 . . . . G G G G
599 . . . . A A A A
600 . . . . T T T T
601 . . . . G G G T
602 . . . . C C C C
603 . . . . C C C C
604 . . . . G G G G
605 . . . . A A A A
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608 . . . . G G G G
609 . . . . T T T C
610 . . . . G G G G
611 . . . . A A A A
612 . . . . C C C C
613 . . . . G G G G
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