Contig Alignment

Base A B C D
1 A . . .
2 T . . .
3 A . . .
4 C . . .
5 A . . .
6 A . . .
7 A . . .
8 A . . .
9 G . . .
10 T . . .
11 T . . .
12 G . . .
13 A . . .
14 T . . .
15 A . . .
16 T . . .
17 A . . .
18 G . . .
19 T . . .
20 A . . .
21 C . . .
22 A . . .
23 T . . .
24 T . . .
25 A . . .
26 C . . .
27 A . . .
28 A . . .
29 A . . .
30 C . . .
31 C . . .
32 C . . .
33 A . . .
34 C . . .
35 T . . .
36 T . . .
37 G . . .
38 G . . .
39 G . . .
40 G . . .
41 T . . .
42 T . . .
43 T . . .
44 T . . .
45 C . . .
46 A . . .
47 T . . .
48 C . . .
49 A . . .
50 T . . .
51 C . . .
52 T . . .
53 T . . .
54 G . . .
55 T . . .
56 C . . .
57 A . . .
58 A . . .
59 A . . .
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61 C . . .
62 C . . .
63 C . . .
64 C . . .
65 A . . .
66 A . . .
67 C . . .
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69 T . . .
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71 T . . .
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73 C . . .
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76 G . . .
77 C . . .
78 T . . .
79 T . . .
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92 A . . .
93 A . . .
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96 C . . .
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99 A . . .
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103 A . . .
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105 C . . .
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107 A . . .
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116 C . C .
117 T . T .
118 C C C .
119 C C C .
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134 A A A .
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136 A A A .
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138 A A A .
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159 G G G .
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507 C C C C
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509 G G G G
510 G G G G
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512 C C C C
513 T T T T
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524 C C C C
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527 G G G G
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531 C C C C
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533 G G G G
534 . G G G
535 . T T T
536 . G G G
537 . G G G
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583 . G G G
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739 . . . C
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745 . . . A
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747 . . . G
748 . . . C
749 . . . G
750 . . . G
751 . . . C
752 . . . G
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759 . . . A
760 . . . G
761 . . . G
762 . . . A
763 . . . G
764 . . . A
765 . . . A
766 . . . A
767 . . . G
768 . . . A
769 . . . C
770 . . . A
771 . . . T
772 . . . G
773 . . . G
774 . . . A
775 . . . C
776 . . . G
777 . . . G
778 . . . A
779 . . . A
780 . . . C
781 . . . G
782 . . . A
783 . . . T
784 . . . C
785 . . . C
786 . . . A
787 . . . T
788 . . . T
789 . . . G
790 . . . A
791 . . . T
792 . . . A