Contig Alignment

Base A B C D E F G H I J K
1 G . . . . . . . . . .
2 A . . . . . . . . . .
3 A . . . . . . . . . .
4 T . . . . . . . . . .
5 T . . . . . . . . . .
6 C . . . . . . . . . .
7 T . . . . . . . . . .
8 T . . . . . . . . . .
9 A . . . . . . . . . .
10 A . . . . . . . . . .
11 T T . . . . . . . . .
12 G G . . . . . . . . .
13 A A . . . . . . . . .
14 A A . . . . . . . . .
15 A A . . . . . . . . .
16 C C . . . . . . . . .
17 G G . . . . . . . . .
18 T T . . . . . . . . .
19 T T . . . . . . . . .
20 T T . . . . . . . . .
21 C C . . . . . . . . .
22 T T . . . . . . . . .
23 A A . . . . . . . . .
24 A A . . . . . . . . .
25 C C . . . . . . . . .
26 G G . . . . . . . . .
27 C C . . . . . . . . .
28 A A . . . . . . . . .
29 T T . . . . . . . . .
30 T T . . . . . . . . .
31 G G . . . . . . . . .
32 G T . . . . . . . . .
33 T T . . . . . . . . .
34 C C . . . . . . . . .
35 G G . . . . . . . . .
36 G G . . . . . . . . .
37 A A . . . . . . . . .
38 A A . . . . . . . . .
39 A A . . . . . . . . .
40 A A . . . . . . . . .
41 T T . . . . . . . . .
42 G G . . . . . . . . .
43 A A . . . . . . . . .
44 C C . . . . . . . . .
45 C C . . . . . . . . .
46 T T . . . . . . . . .
47 T T . . . . . . . . .
48 T A . . . . . . . . .
49 A G . . . . . . . . .
50 T T . . . . T . . . .
51 A A . . . . A . . . .
52 A A . . . . A . . . .
53 T T . . . . T . . . .
54 A A . . . A A . . . .
55 A A . . . A A . . . .
56 T T . . T T T . . . .
57 A A . . A A A . . . .
58 T T . . T T T . . . .
59 G G . . G G G . . . .
60 A A . . A A A . . . .
61 A A . . A A A . . . .
62 C C . . C C C . . . .
63 T T . . T T T . . . .
64 A A . . A A A . . . .
65 T T . . T T T . . . .
66 T T . . T T T . . . .
67 A A . . A A A . . . .
68 G G . . G G G . . . .
69 T T . . T T T . . . .
70 A A . . A A A . . . .
71 T T . . T T T . . . .
72 T T . . T T T . . . .
73 T T . . T T T . . . .
74 T T . . T T T . . . .
75 G G . . G G G . . . .
76 T T . . T T T . . . .
77 C C . . C C C . . . .
78 G G . . G C G . . . .
79 A A . . A A A . . . .
80 A A . . A A A . . . .
81 G G . . G G G . . . .
82 C C . . C C C . . . .
83 A A . . A A A . . . .
84 A A . . C A A . . . .
85 T T . . T T T . . . .
86 C C . . T C C . . . .
87 G G . . T G G . . . .
88 A A . . A A A . . . .
89 A A . . A A C . . . .
90 A A . . A A A . . . .
91 T T . . T T T . . . .
92 T T . . T T T T . . .
93 G G . . G G G G . . .
94 C C . . C C C C . . .
95 A A . A A A A A . . .
96 T T . T T T T T . . .
97 A A . A A A A A . . .
98 C C . C C C C C . . .
99 T T . T T T T T . . .
100 A A . A A A A A . . .
101 T T . T T T T T . . .
102 G G . G G G G G . . .
103 A A . A A A A A . . .
104 C C . N C C C C . . .
105 - - . - - - - C . . .
106 A A . A A A A A . . .
107 G G . G G G G G . . .
108 A A . A A A A A . . .
109 A G . G G G G G . . .
110 A A . A A A A A . . .
111 C C . C C C C C . . .
112 A A . A A A A A . . .
113 G G . G G G G G . . .
114 A A . A A A A A . . .
115 G G . G G G G G . . .
116 G G . G G G G G . . .
117 G T . T T T T T . . .
118 G G . G G G G G . . .
119 A A . A A A A A . . .
120 G G . G G G G G . . .
121 C C . C C C C C . . .
122 A A . A A A A A . . .
123 T T . T T T T T . . .
124 G G . C G G G G . . .
125 G T . C T T T T . . .
126 A A . T A A A A . . .
127 A G . T G G G G . . .
128 A A . T A A A A . . .
129 C C . C C C C C . . .
130 C C . C C C C C . . .
131 A A . A A A A A . . .
132 G G . G G G G G . . .
133 C C . C C C C C . . .
134 C C . C C C C C . . .
135 A A . A A A A A . . .
136 G G . G G G G G . . .
137 C C . C C C C C C . .
138 C C . C C C C C C . .
139 C A . A A A A A A . .
140 C C . C C T T T T . . 4 transition
141 C C . C C C C C C . .
142 C C . C C C C C C . .
143 A A . A A A A A A . .
144 T T . T T T T T T . .
145 G G . G G G G G G . .
146 A A . A A A A A A . .
147 T T . T T T T T T . .
148 T T . T T T T T T . .
149 T T . T T T T T T . .
150 A A A A A A A A A . .
151 A G G G G G G G G . .
152 T T T T T T T T T . .
153 A A A A A A A A A . .
154 A G G G G G G G G . .
155 A A A A A A A A A . .
156 A A A A A A A A A . .
157 G G G G G G G G G . .
158 C C C C C C C C C . .
159 T T T T T T T T T . .
160 A A A A A A A A A . .
161 G G A G G G G G G . .
162 A A A A A A A A A . .
163 A A C A A C C C C . . 4 transversion
164 G G A G G A A A A . . 4 transition
165 C C C C C C C C C . .
166 C C C C C C C C C . .
167 A A A A A A A A A . .
168 A A A A A A A A A . .
169 G G C G G G G G G . .
170 A A C A A C C C C . . 4 transversion
171 A A C A A A A A A . .
172 C C C C C C C C C . .
173 T T T T T T T T C T .
174 G G G G G G G G G G .
175 G T T T T T T T T T .
176 A A A A A A A A A A .
177 A G G G G G G G G G .
178 A A A A A A A A A A .
179 T T T T T T T T T T .
180 C C C C C C C C C C .
181 T T T T T T T T T T .
182 A A A A A A A A A A .
183 G G G G G G G G G G .
184 G G A G G A A A A G . 5 transition
185 A A A A A A A A A A .
186 C C C C C C C C C C .
187 T T T T T T T T T T .
188 C C C C C C C C C C .
189 A A A A A A A A A A .
190 T T T T T T T T T T .
191 T T T T T T T T T T .
192 G G G G G G G G G G .
193 A A A A A A A A A A .
194 A A A A A A A A A A .
195 G G G G G G G G G G .
196 C C C C C C C C C C .
197 A A A A A A A A A A .
198 A A A A A A A A A A .
199 C C C C C C C C C C .
200 C C C C C C C C C C .
201 G G G G G G G G G G .
202 G G G G G G G G G G .
203 G G G G G G G G G G .
204 C C C C C C C C C G .
205 C C C C C C C C C C .
206 A A A A A A A A A A .
207 A G G G G G G G G G .
208 A A A A A A A A A A .
209 A A A A A A A A A A .
210 A A A A A A A A A A .
211 C C C C C C C C C C .
212 A A A A A A A A A A .
213 A A A A A A A A A A .
214 G G G G G G G G G G .
215 C C C C C C C C C C .
216 A A A A A A A A A A .
217 C C C C C C C C C C .
218 T T T T T T T T T T .
219 A A A A A A A A A A .
220 A A A A A A A A A A .
221 A A A A A A A A A A .
222 C C C C C C C C T C .
223 T T T T T T T T T T .
224 A A A A A A A A A A .
225 A A A A A A A A A A .
226 G G G G G G G G G G .
227 C C A C C A A A A C . 5 transversion
228 C C C C C C C C C C .
229 T T T T T T T T T T .
230 T T T T T T T T T T .
231 A A A A A A A A A A .
232 T T T T T T T T T T .
233 T T T T T T T T T T .
234 G G G G G G G G G G .
235 A A A A A A A A A A .
236 A A A A A A A A A A .
237 G G G G G G G G G G G
238 C C C C C C C C C C C
239 A A A A A A A A A A A
240 A G G G G G G G G G G
241 A A A A A A A A A A A
242 A A A A A A A A A A A
243 C C C C C C C C C C C
244 T T T T T T T T T T T
245 A A G A A G G G G A A 5 transition
246 G G G G G G G G G G G
247 C C C C C C C C C C C
248 A A A A A A A A A A A
249 T T T T T T T T T T T
250 T T T T T T T T T T T
251 A A A A A A A A A A A
252 G G G G G G G G G G G
253 C C C C C C C C C C C
254 G G - G G - - - - G G 5 indel
255 T T - T T - - - - T T 5 indel
256 A A A A A A A A A A A
257 A A A A A A A A A A A
258 A A A A A A A A A A A
259 G G C G G C C C C G G 5 transversion
260 G G G G G G G G G G G
261 G T T T T T T T T T T
262 A A A A A A A A A A A
263 C C C C C C C C C C C
264 T T T T T T T T T T T
265 A A A A A A A A A A A
266 A A A A A A A A A A A
267 G G G G G G G G G G G
268 C C C C C C C C C C C
269 T T T T T T T T T T T
270 C C C C C C C C C C C
271 A A A A A A A A A A A
272 C C C C C C C C C C C
273 T T T T T T T T T T T
274 C C C C C C C C C C C
275 C G G G G G G G G G G
276 A A A A A A A A A A A
277 C C C C C C C C C C C
278 C C C C C C C C C C C
279 G G T G G T T T T G G 5 transversion
280 G T T T T T T T T T T
281 C C C C C C C C C C C
282 A A A A A A A A A A A
283 C C C C C C C C C C C
284 T T T T T T T T T T T
285 T T T T T T T T T T T
286 G G G G G G G G G G G
287 G G G G G G G G G G G
288 A A A A A A A A A A A
289 A A A A A A A A A A A
290 A A A A A A A A A A A
291 A A A A A A A A A A A
292 C C C C C C C C C C C
293 G G G G G G G G G G G
294 C C C C C C C C C C C
295 C C C C C C C C C C C
296 C C C C C C C C C C C
297 T T T T T T T T T T T
298 T T T T T T T T T T T
299 C C C C C C C C C C C
300 C C C C C C C C C C C
301 C C C C C C C C C C C
302 C C C C C C C C C C C
303 T T T T T T T T T T T
304 C C C C C C C C C C C
305 C C C C C C C C C C C
306 T T T T T T T T T T T
307 C C C C C C C C C C C
308 C C C C C C C C C G C
309 T T T T T T T T T T T
310 G G G G G G G G G G G
311 G C C C C C C C C C C
312 T T T T T T T T T T T
313 T T T T T T T T T T T
314 C C C C C C C C C C C
315 A A A A A A A A A A A
316 C C G C C G G G G C C 5 transversion
317 C C C C C C C C C C C
318 T T T T T T T T T T T
319 T T T T T T T T T T T
320 G G G G G G G G G G G
321 G G G G G G G G G G G
322 G G G G G G G G G G G
323 C C C C C C C C C C C
324 A A A A A A A A A A A
325 C C C C C C C C C C C
326 C C C C C C C C C C C
327 A A A A A A A A A A A
328 C C C C C C C C C C C
329 C C C C C C C C C C C
330 A A A A A A A A A A A
331 C C C C C C C C C C C
332 C C C C C C C C C C C
333 T T T T T T T T T T T
334 T T T T T T T T T T T
335 G G G G G G G G G G G
336 A A A A A A A A A A A
337 G G G G G G G G G G G
338 C C C C C C C C C C C
339 A A A A A A A A A A A
340 C C C C C C C C C C C
341 G G G G G G G G G G G
342 C C C C C C C C C C C
343 C C C C C C C C C C C
344 G G G G G G G G G G G
345 T T T T T T T T T T T
346 T T T T T T T T T T T
347 C C C C C C C C C C C
348 T T T T T T T T T T T
349 T T T T T T T T T T T
350 C C C C C C C C C C C
351 A A A A A A A A A A A
352 T T T T T T T T T T T
353 C C C C C C C C C C C
354 T T T T T T T T T T T
355 C C C C C C C C C C C
356 C C C C C C C C C C C
357 G G G G G G G G G G G
358 C C C C C C C C C C C
359 C C C C C C C C C C C
360 T T T T T T T T T T T
361 T T T T T T T T T T T
362 G G G G G G G G G G G
363 A A A A A A A A A A A
364 T T T T T T T T T T T
365 C C C C C C C C C C C
366 T T T T T T T T T T T
367 G G G G G G G G G G G
368 A A A A A A A A A A A
369 T T T T T T T T T T T
370 C C C C C C C C C C C
371 C C C C C C C C C C C
372 A A A A A A A A A A A
373 T T T T T T T T T T T
374 C C C C C C C C C C C
375 T T T T T T T T T T T
376 T T T T T T T T T T T
377 A A A A A A A A A A A
378 A A A A A A A A A A A
379 A A A A A A A A A A A
380 A A A A A A - - A A A
381 G G G G G G G G G G G
382 A A A A A A A A A A A
383 C G C C C C C C C C C
384 T T T T T T T T T T T
385 C C C C C C C C C C C
386 C C C C C C C C C C C
387 G G G G G G G G G G G
388 G G G G G G G G G G G
389 G C C C C C C C C C C
390 G G G G G G G G G G G
391 G G G G G G G G G G G
392 G C C C C C C C C C C
393 A A A A A A A A A A A
394 G G G A G G G G G G G
395 A A A A A A A A A A A
396 A A A A A A A A A A A
397 C C C C C C C C C C C
398 G G G G G G G G G G G
399 A A A A A A A A A A A
400 T T T T T T T T T T T
401 G G G G G G G G G G G
402 C C C C C C C C C C C
403 G G G G G G G G G G G
404 G G G G G G G G G G G
405 C C C C C C C C C C C
406 T T T T T T T T T T T
407 G G G G G G G G G G G
408 C C C C C C C C C C C
409 T T T T T T T T T T T
410 G G G G G G G G G G G
411 T T T T T T T T T T T
412 A A A A A A A A A A A
413 C C C C C C C C C C C
414 C C C C C C C C C C C
415 T T T T T T T T T T T
416 C C C C C C C C C C C
417 C C C C C C C C C C C
418 C C G G G G G G G G G
419 . . C C C C C C C C C
420 . . C C C C C C C C C
421 . . C C C C C C C C C
422 . . A A A A A A A A A
423 . . G G G G G G G G G
424 . . C C C C C C C C C
425 . . G G G G G G G G G
426 . . G G G G G G G G G
427 . . T T T T T T T T T
428 . . C C C C C C C C C
429 . . T T T T T T T T T
430 . . C C C C C C C C C
431 . . C C C C C C C C C
432 . . T T T T T T T T T
433 . . C C C C C C C C C
434 . . C C C C C C C C C
435 . . T T T T T T T T T
436 . . C C C C C C C C C
437 . . C C C C C C C C C
438 . . C C C C C C C C C
439 . . C C C C C C C C C
440 . . T T T T T T T T T
441 . . A A A A A A A A A
442 . . C C C C C C C C C
443 . . C C C C C C C C C
444 . . T T T T T T T T T
445 . . T T T T T T T T T
446 . . T T T T T T T T T
447 . . T T T T T T T T T
448 . . C C C C C C C C C
449 . . T T T T T T T T T
450 . . T T T T T T T T T
451 . . T T T T T T T T T
452 . . T T T T T T T T T
453 . . T T T T T T T T T
454 . . C C C C C C C C C
455 . . T T T T T T T T T
456 . . C C C C C C C C C
457 . . C C C C C C C C C
458 . . G G G G G G G G G
459 . . C C C C C C C C C
460 . . C C C C C C C C C
461 . . G G G G G G G G G
462 . . C C C C C C C C C
463 . . C C C C C C C C C
464 . . C C C C C C C C C
465 . . T T T T T T T T T
466 . . G G G G G G G G G
467 . . G G G G G G G G G
468 . . A A A A A A A A A
469 . . T T T T T T T T T
470 . . C C C C C C C C C
471 . . A A A A A A A A A
472 . . C C C C C C C C C
473 . . C C C C C C C C C
474 . . A A A A A A A A A
475 . . G G G G G G G G G
476 . . G G G G G G G G G
477 . . G G G G G G G G G
478 . . G T T A T T T T T
479 . . G G G G G G G G G
480 . . T T T T T T T T T
481 . . T T T T T T T T T
482 . . C C C C C C C C C
483 . . T T T T T T T T T
484 . . G G G G G G G G G
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961 . . . . . . . . A A A
962 . . . . . . . . G G G
963 . . . . . . . . C C C
964 . . . . . . . . A A A
965 . . . . . . . . A A C
966 . . . . . . . . T . .
967 . . . . . . . . A . .
968 . . . . . . . . C . .
969 . . . . . . . . T . .
970 . . . . . . . . C . .
971 . . . . . . . . G . .
972 . . . . . . . . T . .
973 . . . . . . . . A . .
974 . . . . . . . . G . .
975 . . . . . . . . T . .
976 . . . . . . . . T . .