Contig Alignment

Base A B C D E F G H I J K L M N O
1 A . . . . . . . . . . . . . .
2 G . . . . . . . . . . . . . .
3 A . . . . . . . . . . . . . .
4 C . . . . . . . . . . . . . .
5 G . . . . . . . . . . . . . .
6 A . . . . . . . . . . . . . .
7 A . . A . . . . . . . . . . .
8 T . . T . . . . . . . . . . .
9 A . . A . . . . . . . . . . .
10 T . . T . . . . . . . . . . .
11 C . . C . . . . . . . . . . .
12 G . . G . . . . . . . . . . .
13 T . . T . . . . . . . . . . .
14 T . . T . . . . . . . . . . .
15 T . . T . . . . . . . . . . .
16 T . . T . . . . . . . . . . .
17 C . . C . . . . . . . . . . .
18 A . . A . . . . . . . . . . .
19 T . . T . . . . . . . . . . .
20 C . . C . . . . . . . . . . .
21 C . . C . . . . . . . . . . .
22 A . . A . . . . . . . . . . .
23 T . . T T . . . . . . . . . .
24 A . . A A . . . . . . . . . .
25 G . . G G . . . . . . . . . .
26 C . . C C . . . . . . . . . .
27 G . . G G . . . . . . . . . .
28 A . . A A . . . . . . . . . .
29 T . . T T . . . . . . . . . .
30 T . . T T . . . . . . . . . .
31 A . . A A . . . . . . . . . .
32 A . . A A . . . . . . . . . .
33 A . . A A A . . . . . . . . .
34 A . . A A A . . . . . . . . .
35 C . . C C C . . . . . . . . .
36 C . . C C C . . . . . . . . .
37 C . . C C C . . . . . . . . .
38 G . . G G G . . . . . . . . .
39 C . . G G G . . . . . . . . .
40 A . . A A A . . . . . . . . .
41 G . . T T T . . . . . . . . .
42 A . . A A A . . . A . . . . .
43 T . T T T T . . . T . . . . .
44 A . A A A A . . . A . . . . .
45 A . A A A A . . . A . . . . .
46 A . A A A A . . . A . . . . .
47 A . A A A A . . . A . . . . .
48 C . C C C C . . . C . . . . .
49 G . G G G G . . . G . . . . .
50 G . G G G G . . . G . . . . .
51 C . C C C C . . . C . . . . .
52 G . G G G G . . . G . . . . .
53 T . T T T T . . . T . . . . .
54 T . T T T T . . . T . . . . .
55 A . A A A A . . . A . . . . .
56 T . T T T T . . . T . . . . .
57 A . A A A A . . . A . . . . .
58 T . T T T T . . . T . . . . .
59 A . A A A A . . . A A . . . .
60 C . C C C C . . . C C . . . .
61 T . T T T T . . . T T . . . .
62 T . T T T T . . . T T . . . .
63 G . G G G G . . . G G . . . .
64 A . A A A A . . . A A . . . .
65 A . A A A A . . . A A . . . .
66 G . G G G C . . . G G . . . .
67 C . C C C C . . . C C . . . .
68 A . A A A T . . . A A . . . .
69 G . G G G T . . . G G . . . .
70 T . T T T T . . . C T . . . .
71 A . C A A A . . . C A . . . .
72 T . C T T T . . . T T . . . .
73 A . C A A A . . . - A . . . .
74 C . T C C C . . . T C . . . .
75 A . A A A A . . . A A . . . .
76 A . A A A A . . . A A . . . .
77 A . A A A A . . . A A . . . .
78 G . A G G G . . . G G . . . .
79 C . - C C C . . . C C . . . .
80 A . A A A A . . . A A . . . .
81 T . T T T A . . . C A . . . .
82 C . A A A A A . . A A . . . .
83 A . T T T T T . . T T . . . .
84 T . A A A A A . . A A . . . .
85 G . A A A A A . . A A . . . .
86 C . C C C C C . . C C . . . .
87 T . T T T T T . . T T . . . .
88 G . G G G G G . . G G . . . .
89 T . T T T T T . . T T . . . .
90 - . - - - - - . . - C . . . .
91 T . T T T T T . . T T . . . .
92 C . C C C C C . . C C . . . .
93 C . C C C C C . . C C . . . .
94 A . A A A G G . . G T . . . .
95 T . T T T T T . . T T . . . .
96 C . C C C C C . . C C . . . .
97 C . C C C C C . . C C . . . .
98 A . A A A A - . . A A . . . .
99 C . C C C C C . . C C . . . .
100 A . A A A A A . . A A . . . .
101 T . T T T T T . . T T . . . .
102 A . A A A A A . . A A . . . .
103 A . G G G G G . . G G . . . .
104 C . C C C C C . . C C . . . .
105 T . T T T T T . . T T . . . .
106 G . G G G G G . . G G . . . .
107 T . T T T C T . . T T . . . .
108 T . T T T T T . . T T . . . .
109 A . A A A A A . . A A . . . .
110 C . C C C C C . . C C . . . .
111 A . A A A A A . . C A . . . .
112 C . C C C C C . . C C . . . .
113 G . C G G G G . . C G . . . .
114 G . C G G G G . . G G . . . .
115 A . C A A A C . . A A . . . .
116 C . T G G G G . . G G . . . .
117 G . G G G G G . . G G . . . .
118 A . A A A A T . . A A . . . .
119 G . G G G C T . . C C . . . .
120 T . T T T T T . . T T . . . .
121 A . A A A A A . . A A . . . .
122 G . G G G G G . . G G . . . .
123 A . A A A A A . . A A . . . .
124 A . A A A A A . . A A . . . .
125 G . G G G G G . . G G . . . .
126 A . A A A A A . . A A . . . .
127 C . C C C C C . . C C . . . .
128 T . T T T T T . . T T . . . .
129 T . T T T T T . . T T . . . .
130 C . C C C C C . . C C . . . .
131 G . G G G G G . . G G . . . .
132 A . A A A A A . . A A . . . .
133 A . A A A A A . . A A . . . .
134 G . G G G G G . . G G . . . .
135 G . G G G G G . . G G . . . .
136 G . G G G G G . . G G . . . .
137 G . G G G G G . . G G . . . .
138 A . A A A A A . . A A . . . .
139 A . A A A A A . . A A . . . .
140 G . G G G G G . . G G . . . .
141 C . C C C C C . . C C . . . .
142 A . A A A A A . . A A . . . .
143 G . G G G G G . . G G . . . .
144 C . C C C C C . . C C . . . .
145 A . A A A A A . . A A . . . .
146 A . A A A A A . . A A . . . .
147 G . G G G G G . . G G . . . .
148 C . C C C C C . . C C . . . .
149 G . G G G G G . . G G . . . .
150 A . A A A A A . . A A . . . .
151 C . C C C C C . . C C . . . .
152 G . G G G G G . . G G . . . .
153 A . A A A A A . . A A . . . .
154 A . A A A A A . . A A . . . .
155 G . G G G G C . . G G . . . .
156 G . G G G G C . . G G . . . .
157 C . C C C C C . . C C . . . .
158 G . G G G G T . . G G . . . .
159 A . A A A A A . . A A . . . .
160 A . A A A A A . . A A . . . .
161 A . A A A A A . . A A . . . .
162 G . G G G G G . . G G . . . .
163 C . C C C C C . . C C . . . .
164 A . A A A A A . . A A . . . .
165 A . A A A A A . . A A . . . .
166 A . A A A A A . . A A . . . .
167 T . T T T T T . . T T . . . .
168 C . C C C C C . . C C . . . .
169 G . G G G G G . . G G . . . .
170 A . A A A A A . . A A . . . .
171 T . T T T T T . . T T . . . .
172 C . C C C C C . . C C . . . .
173 C . C C C C C . . C C . . . .
174 T . T T T T T . . T T . . . .
175 C . C C C C C . . C C . . . .
176 T . T T T T T . T T T . . . .
177 C . C C C C C . C C C . . . .
178 A . A A A A A . A A A . . . .
179 C . C C C C C . C C C . . . .
180 T T T T T T T . T T T . . . .
181 T T T T T T T . T T T . . . .
182 G G G G G G G . G G G . . . .
183 C C C C C C C . C C C . . . .
184 C C C C C C C . C C C . . . .
185 G G G G G G G . G G G . . . .
186 G G G G G G G . G G G . . . .
187 G G G G G G G . G G G . . . .
188 G G G G G G G . G G G . . . .
189 A A A A A A A . A A A . . . .
190 C C C C C C C . C C C . . . .
191 G G G G G G G . G G G . . . .
192 A A A A A A A . A A A . . . .
193 A A A A A A A . A A A . . . .
194 G G G G G G G . G G G . . . .
195 T T T T T T T T T T T . . . .
196 T T T T T T T T T T T . . . .
197 G G G G G G G G G G G . . . .
198 G G G G G G G G G G G . . . .
199 T T T T T T T T T T T . . . .
200 G G G G G G G G G G G . . . .
201 G G G G G G G G G G G . . . .
202 C C C C C C C C C C C . . . .
203 G G G G G G G G G G G . . . .
204 T T T T T T T T T T T . . . .
205 A A A A A A A - A A A . . . .
206 C C C C C C C C C C C . . . .
207 G G G G G G G G G G G . . . .
208 C C C C C C C C C C C . . . .
209 C C C C C C C C C C C . . . .
210 C C C C C C C C C C C . . . .
211 A A A A A A A A A A A . . . .
212 G G G G G G G G G G G . . . .
213 G G G G G G G G G G G . . . .
214 C C C C C C C C C C C . . . .
215 G G G G G G G G G G G . . . .
216 T T T T T T T T T T T . . . .
217 T T T T T T T T T T T . . . .
218 G G G G G G G G G G G . . . .
219 T T T T T T T T T T T . . . .
220 T T T T T T T T T T T . . . .
221 G G G G G G G G G G G . . . .
222 T T T T T T T T T T T . . . .
223 T T T T T T T T T T T . . . .
224 G G G G G G G G G G G . . . .
225 A A A A A A A A A A A . . . .
226 C C C C C C C C C C C . . . .
227 G G G G G G G G G G G . . . .
228 G G G G G G G G G G G . . . .
229 G G G G G G C G G G G G . . .
230 G G G G G G C G G G G G . . .
231 T T T T T T T T T T T T . . .
232 C C C C C C C C C C C C . . .
233 G G G G G G G G G G G G . . .
234 G G G G G G G G G G G G . . .
235 C C C C C C C C C C C C . . .
236 G G G G G G G G G G G G . . .
237 A A A A A A A A A A A A . . .
238 T T T T T T T T T T T T . . .
239 G G G G G G G G G G G G . . .
240 T T T T T T T T T T T T . T .
241 G G G G G G G G G G G G . G .
242 A A A A A A A A A A A A . A .
243 T T T T T T T T T T T T . T .
244 C C C C C C C C C C C C . C .
245 G G G G G G G G G G G G . G .
246 A A A A A A A A A A A A . A .
247 G G G G G G G G G G G G . G .
248 G G G G G G G G G G G G . G .
249 A A A A A A A A A A A A . A .
250 G G G G G G G G G G G G . G .
251 G G G G G G G G G G G G . G .
252 T T T T T T T T T T T T . T .
253 T T T T T T T T T T T T . T .
254 C C C C C C C C C C C C . C .
255 T T T T T T T T T T T T . T .
256 C C C C C C C C C C C C . C .
257 G G G G G G G G G G G G . G .
258 A A A A A A A A A A A A . A .
259 T T T T T T T T T T T T . T .
260 C C C C C C C C C C C C . C .
261 G G G G G G G G G G G G . G .
262 G G G G G G G G G G G G . G .
263 C C C C C C C C C C C C . C .
264 C C C C C C C C C C C C . C .
265 C C C C C C C C C C C C . C .
266 T T T T T T T T T T T T . T .
267 T T T T T T T T T T T T . T .
268 T T T T T T T T T T T T . T .
269 C C C C C C C C C C C C . C .
270 C C C C C C C C C C C C . C .
271 C C C C C C C C C C C C . C C
272 C C C C C A A A A A A A . C A 6 transversion
273 G G G G G G G G G G G G . G G
274 T T T T T T T T T T T T . T T
275 C C C C C C C C C C C C . C C
276 A A A A A A A A A A A A . A A
277 C C C C C C C C C C C C . C C
278 G G G G G G G G G G G G . G G
279 A A A A A A A A A A A A . A A
280 T T T T T T T T T T T T . T T
281 C C C C C C C C C C C C . C C
282 G G G G G G G G G G G G . G G
283 C C C C C C C C C C C C . C C
284 C C C C C C C C C C C C . C C
285 T T T T T T T T T T T T . T T
286 G G G G G G G G G G G G . G G
287 C C C C C C C C C C C C . C C
288 A A A A A A A A A A A A . A A
289 C C C C C C C C C C C C . C C
290 G G G G G G G G G G G G . G G
291 A A A A A A A A A A A A . A A
292 A A A A A A A A A A A A . A A
293 G G G G G G G G G G G G . G G
294 A A A A A A A A A A A A . A A
295 A A A A A A A A A A A A . A A
296 C C C C C C C C C C C C . C C
297 C C C C C C C C C C C C . C C
298 C C C C C C C C C C C C . C C
299 G G G G G G G G G G G G . G G
300 A A A A A A A A A A A A . A A
301 A A A A A A A A A A A A . A A
302 C C C C C C C C C C C C . C C
303 A A A A A A A A A A A A . A A
304 T T T T T T T T T T T T . T T
305 G G G G G G G G G G G G . G G
306 G G G G G G G G G G G G . G G
307 A A A A A A A A A A A A . A A
308 G G G G G G G G G G G G . G G
309 A A A A A A A A A A A A . A A
310 A A A A A A A A A A A A . A A
311 C C C C C C C C C C C C . C C
312 A A A A A A A A A A A A . A A
313 T T T T T T T T T T T T . T T
314 C C C C C C C C C C C C . C C
315 G G G G G G G G G G G G . G G
316 C C C C C C C C C C C C . C C
317 C C C C C C C C C C C C . C C
318 A A A A A A A A A A A A . A A
319 G G G G G G G G G G G G . G G
320 C C C C C C C C C C C C . C C
321 C C C C C C C C C C C C . C C
322 T T T T T T T T T T T T . T T
323 C C C C C C C C C C C C . C C
324 C C C C C C C C C C C C . C C
325 C C C C C C C C C C C C . C C
326 G G G G G G G G G G G G . G G
327 T T T T T T T T T T T T . T T
328 T T T T T T T T T T T T . T T
329 C C C C C C C C C C C C . C C
330 T T T T T T T T T T T T . T T
331 T T T T T T T T T T T T . T T
332 C C G G G G G G G G G G . G G
333 . . A A A A A A A A A A . A A
334 . . G G G G G G G G G G . G G
335 . . C C C C C C C C C C . C C
336 . . T T T T T T T T T T . T T
337 . . C C C C C C C C C C . C C
338 . . C C C C C C C C C C . C C
339 . . T T T T T T T T T T . T T
340 . . T T T T T T T T T T . T T
341 . . C C C C C C C C C C . C C
342 . . A A A A A A A A A A . A A
343 . . C C C C C C C C C C . C C
344 . . C C C C C C C C C C . C C
345 . . T T T T T T T T T T . T T
346 . . T T T T T T T T T T . T T
347 . . C C C C C C C C C C . C C
348 . . A A A A A A A A A A . A A
349 . . G G G G G G G G G G . G G
350 . . C C C C C C C C C C . C C
351 . . T T T T T T T T T T . T T
352 . . C C C C C C C C C C C C C
353 . . C C C C C C C C C C C C C
354 . . G G G G G G G G G G G G G
355 . . A A A A A A A A A A A A A
356 . . G G G G G G G G G G G G G
357 . . A A A A A A A A A A A A A
358 . . A A A A A A A A A A A A A
359 . . C C C C C C C C C C C C C
360 . . G G G G G G G G G G G G G
361 . . C C C C C C C C C C C C C
362 . . G G G G G G G G G G G G G
363 . . T T T T T T T T T T T T T
364 . . C C C C C C C C C C C C C
365 . . C C C C C C C C C C C C C
366 . . G G G G G G G G G G G G G
367 . . G G G G G G G G G G G G G
368 . . G G G G G G G G G G G G G
369 . . T T T T T T T T T T T T T
370 . . C C C C C C C C C C C C C
371 . . G G G G G G G G G G G G G
372 . . T T T T T T T T T T T T T
373 . . C C C C C C C C C C C C C
374 . . G G G G G G G G G G G G G
375 . . G G G G G G G G G G G G G
376 . . C C C C C C C C C C C C C
377 . . C C C C C C C C C C C C C
378 . . A A A A A A A A A A A A A
379 . . G G G G G G G G G G G G G
380 . . G G G G G G G G G G G G G
381 . . C C C C C C C C C C C C C
382 . . C C C C C C C C C C C C C
383 . . C C C C C C C C C C C C C
384 . . A A A A A A A A A A A A A
385 . . G G G G G G G G G G G G G
386 . . C C C C C C C C C C C C C
387 . . G G G G G G G G G G G G G
388 . . G G G G G G G G G G G G G
389 . . G G G G G G G G G G G G G
390 . . T T T T T T T T T T T T T
391 . . C C C C C C C C C C C C C
392 . . G G G G G G G G G G G G G
393 . . A A A A A A A A A A A A A
394 . . A A A A A A A A A A A A A
395 . . G G G G G G G G G G G G G
396 . . G G G G G G G G G G G G G
397 . . C C C C C C C C C C C C C
398 . . G G G G G G G G G G G G G
399 . . C C C C C C C C C C C C C
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401 . . G G G G G G G G G G G G G
402 . . C C C C C C C C C C C C C
403 . . C C C C C C C C C C C C C
404 . . G G G G G G G G G G G G G
405 . . G G G G G G G G G G G G G
406 . . G G G G G G G G G G G G G
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413 . . G G G G G G G G G G G G G
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